Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis December 21, 2012    Prepared for:  Environment Canada    Prepared by:  Dr. Robert F. Foster                  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Executive Summary Existing fisheries and habitat reports, mapping, underwater video, and geospatial data were  reviewed for the Thunder Bay North Harbour Area of Concern on Lake Superior near the  community of Thunder Bay, Ontario.  This review provides supporting documentation that will  be used to identify appropriate mitigation for the Contaminated Sediment Management Area  (CSMA) adjacent to the Cascades Fine Paper mill.  A list of 55 species of fish that have been  confirmed from the Thunder Bay Harbour and adjacent Lake Superior and tributaries was  compiled, including 43 that have been confirmed in the Thunder Bay North Harbour (TBNH)  study area from the mouth of the Current River north to the Cascade Fine Paper mill.   Additional undocumented species may use TBNH study area given the relatively limited  fisheries assessment that has been conducted there and the fact that 89 fish species are known  to occur within the Lake Superior basin.    Underwater video and sediment ponar grabs indicate that the TBNH study area is comprised of  soft sediments, primarily fine sands and silts, with some clay.  Coarser sands, limited patches of  cobble, and some rip rap are found in a narrow nearshore band along the shoreline, but  represents a small fraction of the TBNH study area (likely <5%).  Available data indicate that  gravel, cobble, and other coarse substrates are predominately limited to the Far‐field area,  away from the CSMA.  The substrate of the CSMA is predominately pulp fibre of over 1 m depth  near the shoreline, with thinner deposits farther out.    Approximately 29 ha of the TBNH study area have sparse to dense aquatic macrophytes  dominated by the Canada waterweed, with some water milfoil and pondweeds.  There are no  submergents immediately adjacent to the Cascades mill where pulp depth is greater than 1 m,  but the outer portion of the CSMA has dense beds of submergents, perhaps in response to  increased nutrient availability.  Available video footage suggest that submergents are sparser  farther afield from the mill,  with 70% of submergents in the TBNH study area on silt substrates  in 2‐5 m water depth.      The CSMA likely provides spawning habitat for yellow perch and small fish species that have  adhesive eggs and may spawn over submergents (e.g., sticklebacks); unvegetated deep pulp  deposits within the CSMA are less likely to be suitable spawning habitat.  The CSMA appears to  provide nursery habitat for young‐of‐the‐year (YOY) and/or juvenile longnose sucker, white  sucker, and walleye that spawn in the nearby Current River.  In particular, the CSMA could  potentially provide important nursery habitat for a Thunder Bay Area of Concern walleye  population, which is part of a Great Lakes rehabilitation effort. The CSMA also provides nursery  habitat for yellow perch and small fish species such as spottail shiners, ninespine sticklebacks  Northern Bioscience     ii  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    and sculpins that spawn in or near the CSMA.  These submergents support invertebrates that  are prey for YOY and adult fish, and provide cover for fish of all ages.  The CSMA also provides  habitat for adult walleye, longnose and white suckers, northern pike, and yellow perch, as well  as for a number of cyprinid and other small fish species.    The significance of the CSMA as fish habitat is difficult to determine given the limited data for  the CSMA and the surrounding TBNH.   However, no fish surveys have been conducted in the  CSMA since mill closure in 2009, and this may affect fish use in the area if they had formerly  been attracted to the warmer water temperatures at the outfall.   Additional fish and habitat  surveys (e.g., submergents) are recommended to provide a more complete understanding of  the significance of the CSMA relative to fish habitat elsewhere in the TBNH study area.  The  remediation of area without submerged aquatic vegetation could potentially ameliorate its  value as fish habitat.                                                  Cover Photo: Thunder Bay North Harbour from near Port Arthur Shipyards (GoogleMap image) Northern Bioscience     iii  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Contents Executive Summary ..........................................................................................................................ii   List of Figures ................................................................................................................................... v  List of Tables ................................................................................................................................... vi  List of Appendices ........................................................................................................................... vi  1  Introduction ............................................................................................................................ 1  1.1  Thunder Bay Area of Concern ...................................................................................... 1  1.2  The Current Study ......................................................................................................... 2  2  Aquatic Environment .............................................................................................................. 4  2.1  Water Depth ................................................................................................................. 4  2.2  Exposure / Fetch / Currents .......................................................................................... 6  2.3  Water Clarity and Quality ............................................................................................. 7  2.4  Substrate ....................................................................................................................... 8  2.4.1  Near‐field (CSMA) ..................................................................................................... 9  2.4.2  Mid‐field .................................................................................................................. 13  2.4.3  Far‐field ................................................................................................................... 15  2.5  Contaminants ............................................................................................................. 17  2.5.1  Benthic Invertebrates ............................................................................................. 17  2.5.2  Impacts on Fish ....................................................................................................... 19  2.6  Aquatic Vegetation ..................................................................................................... 23  2.6.1  Distribution and Abundance ................................................................................... 23  2.6.2  Species Composition ............................................................................................... 24  3  Fish Community .................................................................................................................... 27  3.1  Species at Risk ............................................................................................................. 33  4  Fish Habitat ........................................................................................................................... 34  4.1  Spawning Habitat........................................................................................................ 34  4.1.1  Yellow Perch ............................................................................................................ 35  4.1.2  Northern Pike .......................................................................................................... 35  4.1.3  Lake Trout ............................................................................................................... 35  4.1.4  Lake Whitefish and Lake Herring ............................................................................ 36  4.1.5  River‐Spawning Species .......................................................................................... 36  4.1.6  Other Fish Species ................................................................................................... 37  4.2  Nursery Habitat .......................................................................................................... 37  4.3  Adult Habitat .............................................................................................................. 38  4.4  Summary of Fish Habitat ............................................................................................ 44  5  Assessment of Significance of Fish Habitat .......................................................................... 46  6  Data Gaps and Recommendations ....................................................................................... 52  7  Literature Cited ..................................................................................................................... 53      Northern Bioscience     iv  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    List of Figures Figure 1.  Map of Thunder Bay Harbour Area of Concern. ............................................................. 1  Figure 2.  Detail of Thunder Bay North Harbour study area and Contaminated Sediment  Management Area ................................................................................................................. 3  Figure 3.  Bathymetry of Thunder Bay North Harbour study area ................................................. 5  Figure 4.  Current River near mouth under low water flows in September 2011, l ....................... 6  Figure 5.  Location of Environment Canada 2005‐2006 underwater video coverage. ................... 8  Figure 6.  Substrate of Thunder Bay North Harbour study area based on interpretation of 2005‐ 2006 Environment Canada underwater video ...................................................................... 9  Figure 7.  Extruded sediment cores comprised of pulp from Site 18 and sediment cores collected  from Site 17 ......................................................................................................................... 10  Figure 8.  Flocculent pulp substrate. ............................................................................................. 11  Figure 9. Pulp residue with a thin surficial layer of fine woody debris, mainly wood chips. ....... 11  Figure 10. Finer woody debris including small diameter sticks and wood chips near the Cascades  mill. ...................................................................................................................................... 11  Figure 11.  Interpolated depth of organic/fibre material from probe depth observations in the  Thunder Bay Harbour study area ........................................................................................ 12  Figure 12.  Woody debris identified by video interpretation for Thunder Bay North Harbour  study area. ........................................................................................................................... 12  Figure 13.  Coarse woody debris and associated submerged aquatic vegetation. ...................... 13  Figure 14.  Soft, silty, sediment in the Near‐field zone and edge of the Far‐field zone. .............. 14  Figure 15.  Sediments cores from S04 in the Near‐field zone. ..................................................... 14  Figure 16. Cobble and gravel and mixed with sand in shallow water of the Mid‐field zone. ...... 15  Figure 17.  Sediment and benthic macroinvertebrate sampling locations in Thunder Bay  Harbour. ............................................................................................................................... 16  Figure 18.  Possible amphipod or scud  and water boatman from Environment Canada  underwater videos. ............................................................................................................. 19  Figure 19.  Mercury concentrations in young fish collected from Thunder Bay .......................... 20  Figure 20. Thunder Bay North Harbour sites that show toxicity and potential mercury  biomagnification .................................................................................................................. 21  Figure 21. Spatial distribution of total organic carbon and comparison to provincial sediment  quality guidelines ................................................................................................................. 22  Figure 22. Spatial distribution of mercury and comparison to provincial sediment quality  guideline severe effect level and lowest effect level in sediments .................................... 22  Figure 23.  Distribution of submerged aquatic vegetation in the Thunder Bay North Harbour  study area based on interpreted 2005‐2006 Environment Canada video. ......................... 23  Northern Bioscience     v  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Figure 24.  Distribution of submergent species in the study area based on interpreted 2005‐ 2006 Environment Canada video. ....................................................................................... 25  Figure 25.  Dense Canada waterweed in Thunder Bay North Harbour. ....................................... 26  Figure 26.  Water milfoil in Thunder Bay North Harbour. ............................................................ 26  Figure 27.  Narrow‐leaved pondweed and possible pondweed with algae. ................................ 27  Figure 28.  Fish survey and netting areas by OMNR (2006) and Stantec (2003). ......................... 29  Figure 29.  Area and relative proportion of various habitat types within the CSMA. .................. 45  Figure 30.  Water depth classes, predominant substrate, and submergent presence in the  Thunder Bay North Harbour ................................................................................................ 46  Figure 31.  Inferred use of the main habitat types of Thunder Bay North Harbour study area for  fish spawning, nursery, and adult foraging/overwintering. ................................................ 51    List of Tables Table 1.  Area of Thunder Bay North Harbour within 1 m depth classes ....................................... 4  Table 2. Physico‐chemical conditions of overlying water at Environment Canada sediment  sampling sites. ....................................................................................................................... 7  Table 3.  Documented fish species and life stages for the Thunder Bay North Harbour study area  and adjacent areas of Lake Superior and tributaries.  ........................................................ 30  Table 4.  Habitat requirements for fish species confirmed from Thunder Bay North Harbour and  lower Current River ............................................................................................................. 41  Table 5.  Approximate area in various depth classes by main substrate type and submergent  vegetation presence within the CSMA and the TBNH study area. ..................................... 44  Table 6.  Expected degree of use for spawning, nursery, and adult fish of the Thunder Bay North  Harbour ................................................................................................................................ 49    List of Appendices Appendix 1.  Particle size analysis results for surface sediment cores. ........................................ 61  Appendix 2.  Substrate, vegetation, and woody debris ................................................................ 62  Appendix 3.  Complete invertebrate family counts from sampling sites ..................................... 64  Appendix 4.  Dominant taxon of benthic communities and taxon count of dominant taxa. ....... 66  Appendix 5.  Sample locations for OMOE 2003 biomonitoring sampling. ................................... 67  Appendix 6.  Cascades Fine Papers Group fish catch summary by all methods .......................... 68  Appendix 7.  Fish telemetry sampling locations in the Thunder Bay Harbour ............................. 70  Northern Bioscience     vi  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    1 Introduction 1.1 Thunder Bay Area of Concern As a result of the Great Lakes Water Quality Agreement of 1978 (GLWQA) and its 1987  revisions, participating federal, state, and provincial agencies, in cooperation with the  International Joint Commission (IJC), identified 43 degraded areas on the Great Lakes as specific  Areas of Concern (AOC), for which cleanup or Remedial Action Plans (RAPs) are required.   Sixteen of these areas are within Ontario and four, including Thunder Bay, are located on the  north shore of Lake Superior.  Thunder Bay was identified as an AOC (Figure 1), due to  degraded water quality associated with industrial effluent and sediment contamination  (Thunder Bay RAP Team 2004).         Figure 1.  Map of Thunder Bay Harbour Area of Concern (Environment Canada) with arrow showing  Thunder Bay Harbour North study area.    The northern part of the Thunder Bay Harbour AOC has a history of exposure to industrial and  municipal wastewater discharges, including effluents from the Cascades Fine Papers Group  (formerly Provincial Papers) mill on the north shore. Recent assessments of sediment  conditions in the northern part of the inner harbour and in Far‐field and reference sites have  been undertaken by Environment Canada (Milani and Grapentine 2006, 2007; Biberhofer et al.  Northern Bioscience    1   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    2007), Ontario Ministry of the Environment (Bedard and Petro 1995; Richman 2004; Fletcher et  al. 2007), and several environmental consulting firms (BAR Environmental 1996; Stantec 2003,  2004; NSC/QTC 2006).  Grapentine (2011) summarized these impairments as:   the accumulation of contaminants (mainly mercury) and other waste products (pulp  fibres, wood chips) in harbour sediment;   toxicity of sediment in laboratory tests;   bioaccumulation of mercury in resident invertebrates (chironomids, oligochaetes),  fathead minnows, and in situ‐caged unionid bivalves; and   altered benthic macroinvertebrate communities (reduced taxon richness, loss of  pollution‐sensitive taxa, and/or enrichment of oligochaetes and chironomids), and   substantially elevated mercury (Figure 21) and total organic carbon (TOC) (Figure 22).    1.2 The Current Study The Thunder Bay Remedial Action Plan (RAP) includes prescribed monitoring actions to “fill  baseline information gaps wherever possible and track progress on restoring the fish and  wildlife beneficial uses”.  To help support the RAP and guide potential remediation options  (Ecometrix 2007a) within the Contaminated Sediment Management Area (CSMA) (Figure 2),  Northern Bioscience has been engaged to independently review existing fish community and  fish habitat data for the Thunder Bay Harbour North study area, and evaluate its significance to  the extent possible given the limitations of the existing data.    Available reports and data for biophysical parameters that may influence the fish community  and fish habitat (e.g., water depth, bottom substrate, contaminants, benthic invertebrates, and  aquatic vegetation) were synthesized for the Thunder Bay North Harbour study area, with an  emphasis on the CSMA.  The spatial extent and timing of these supporting studies is variable  depending on their original intent, since they were not designed with fish habitat assessment in  mind.  The Thunder Bay North Harbour study area as delineated in Figure 2 was used as the  study area for this report with particular emphasis on the CSMA where possible.  The study area  includes most if not all of the surveyed areas used in sediment monitoring studies for the  northern portion of the AOC, and the CSMA corresponds closely to the “Near‐field” area used in  some sediment monitoring studies (e.g., NSC/QTC 2006) (Figure 2). Available fisheries  information for the Thunder Bay North Harbour study area (and larger AOC where relevant)  and published fish habitat associations were reviewed to estimate the potential fish habitat  occurring in the study area.  No new field studies were conducted for this report; interpretation  of the findings in this report is therefore constrained by the limited nature of the available data.    Northern Bioscience    2   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis      Figure 2.  Detail of Thunder Bay North Harbour study area and the proposed Contaminated  Sediment Management Area (City of Thunder Bay 2007 orthoimagery). Northern Bioscience    3   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    2 Aquatic Environment 2.1 Water Depth Water depth in the Thunder Bay North Harbour study area increases fairly gradually from the  north‐east to the south‐west, reaching a maximum depth of approximately 12 m near the north  entrance to the harbour (Figure 3).  The Thunder Bay Harbour breakwall was constructed in  1916, creating the inner harbour (Ecometrix 2007).  While most of the inner harbour has been  dredged on occasion to maintain shipping depths, most of the study area has apparently not  been dredged, at least in recent years.  There is a steep slope along the east side on the  Agricore grain elevator out to the north harbour entrance where the channel has been  deepened to accommodate the passage of large ships.      Bathymetry for approximately 855,000 m2 of the Thunder Bay North Harbour was mapped by  Biberhofer et al. (2007), with an additional 3% of the North Harbour (26,700 m2) that was not  mapped (Figure 3).  The unmapped areas are dredged deepwater adjacent to the grain elevator  and presumably shallow water areas (<2‐3 m) near the shoreline and breakwall.  Approximately  half of the mapped Thunder Bay North Harbour study area falls within the 4‐7 m depth stratum,  with an additional 25% of the area ranging from 2‐4 m in depth (Table 1).  Of the approximately  222,000 m2 CSMA, only about 56 % (123,622 m2) was mapped by Biberhofer et al. (2007),  mainly along the outside margin where water depths were largely 2‐3 m (Figure 3).  The  unmapped area is presumed to be less than 2 m in depth.    Table 1.  Area of Thunder Bay North Harbour within 1 m depth classes based on bathymetry from  Biberhofer et al. (2007) data shown in Figure 3.  Areas near shorelines (presumably shallow water <2m)  were not comprehensively surveyed.    Depth  Area (m2)  Area (%)  <2                 21,363   2.5  2‐3               141,414   16.5  3‐4                 79,936   9.3  4‐5               153,062   17.9  5‐6               162,443   19.0  6‐7               121,803   14.2  7‐8                 47,695   5.6  8‐9                 35,519   4.2  9‐10                 50,497   5.9  10‐11                 32,061   3.7  11‐12                    9,857   1.2  Total               855,650   100.0  Northern Bioscience       4   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis      Figure 3.  Bathymetry of Thunder Bay North Harbour study area in relation to the proposed  Contaminated Sediment Management Area (adapted from Biberhofer et al. 2007 data)  Northern Bioscience         5   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    2.2 Exposure / Fetch / Currents Thunder Bay Harbour has long been protected from the open waters of Lake Superior by the  breakwall.  Winds and waves from the southeast can extend through the approximately 150 m  wide gap in the breakwall at the southern edge of the Thunder Bay North Harbour study area  and result in a zone of high energy at this location.  There are no tributaries east of the Current  River, and the protection afforded by the breakwall allows finer sediments to settle out in  deeper waters in and near the Contaminated Sediment Management Area at the north end of  the harbour.  Freeze‐up in the harbour generally occurs in December, with ice break‐up  typically occurring in mid‐ to late‐April.      The Current River is a large tributary of Lake Superior that drains into the Thunder Bay harbour  through Port Arthur. The lower reaches of Current River below Shipyard Road has a high  gradient reach of bedrock steps that abruptly transitions into riffle‐run reach near the mouth  (Figure 4)(Foster and Harris 2011).  Flows from Current River, particularly during the spring  freshet, likely have some flushing effect, resulting in coarser substrates near its mouth.  Any  potential impacts on bottom sediments within the Contaminated Sediment Management Area  study area have not been quantified, but are expected to be negligible. Flows are managed  under the Boulevard Lake/Current River Water Management Plan (City of Thunder Bay 2006).        Figure 4.  Current River near mouth under low water flows in September 2011, looking  northeast (left) and southeast towards Pool 6 (right).    Northern Bioscience       6   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    2.3 Water Clarity and Quality A comprehensive review of water quality data for the Thunder Bay North Harbour study area  was outside the scope of this study.  Although water clarity data were not readily available,  light penetration is sufficient to permit growth of submerged aquatic macrophytes.  Physico‐ chemical conditions of overlying water at 12 sediment sampling sites collected by Environment  Canada in 2002 are presented in Table 2.  Water depths at sampling sites ranged from 2.0 to 8.5  m, and water temperatures during sampling were 10.2 to 16.8oC.  Dissolved oxygen ranged  from 9.6 to 11.8 ppm and pH was 7.6 to 8.6, so neither parameter was limiting for fish (Milani  and Grapentine 2006).  Total phosphorous exceeded provincial water quality objectives  (PWQO) (Milani and Grapentine 2006), but were not likely limiting, and Total Kjeldahl N,  NO3/NO2, NH3, alkalinity, and conductivity were within acceptable limits for sustaining fish.   There is likely some minor variability within the harbour associated with water depth and  circulation patterns, but water quality does not appear to be a limiting factor with respect to  fish habitat.  There are no major thermal inputs to the study area, and water temperatures are  suitable for supporting a coolwater fish community and potentially a coldwater fish community.    Table 2. Physico‐chemical conditions of overlying water at Environment Canada sediment sampling sites*  (Milani and Grapentine 2006).  Values in mg/L unless otherwise noted. Bolded values exceed the interim  Provincial Water Quality Objective of 20μg/L.    Site  Water  Easting  Northing  Depth  Alkalinity  (m)  Conduc‐ tivity  DO  NH3  NO3/  NO2  pH  Water  Temp  °C  Total  Kjeldahl  N  Total  P  mg/L  S05‐01  339801  5369071  2.3  42.2  100.0  9.6  0.037  0.280  8.5  18.6  0.299  0.021  S05‐02  339463  5368795  4.2  42.7  104.1  10.2  0.038  0.275  7.6  11.6  0.221  0.018  S05‐03  339188  5369104  3.1  43.0  90.0  10.3  0.064  0.288  8.3  16.6  0.240  0.029  S05‐04  339149  5368942  4.3  43.0  90.0  10.7  0.063  0.286  8.9  16.1  0.285  0.023  S05‐05a  339136  5368633  4.2  41.6  106.3  10.7  0.035  0.303  7.7  11.1  0.303  0.013  S05‐13a  339249  5368538  5.2  41.5  105.2  10.5  0.019  0.303  7.6  10.2  0.186  0.009  S05‐14  338953  5368767  5.5  42.6  90.0  10.7  0.095  0.299  8.5  14.6  0.238  0.015  S05‐15  338931  5368454  4.3  42.7  90.0  11.5  0.025  0.327  8.5  16.8  0.154  0.007  S05‐16  339028  5368529  4.8  43.1  90.0  10.7  0.039  0.321  8.6  15.5  0.201  0.020  S05‐06  339208  5368348  5.7  38.2  105.9  10.2  0.027  0.250  7.9  11.0  0.309  0.015  S05‐07  338958  5368226  7.4  41.6  99.4  11.8  0.010  0.331  7.9  8.9  0.141  0.009  S05‐08  338769  5368339  8.5  43.1  80.0  11.0  0.012  0.341  7.5  8.0  0.137  0.007  S05‐10  338577  5368734  2.0  35.0  90.0  10.2  0.045  0.319  8.5  18.5  0.335  0.018  S05‐11  339867  5369040  3.1  41.4  90.0  10.1  0.021  0.264  8.6  18.1  0.188  0.013  S05‐12  339324  5368746  4.5  42.6  104.7  11.1  0.036  0.302  7.7  11.2  0.169  0.015    *sediment sampling sites largely correspond with those in Figure 6. Northern Bioscience       7   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    2.4 Substrate Substrate conditions in the Thunder Bay North Harbour study area have recently been assessed  by Environment Canada (Milani and Grapentine 2005, 2006; Biberhofer et al. 2007), Ontario  Ministry of the Environment (Bedard and Petro 1995; Richman 2004; Fletcher et al. 2007), and  several environmental consulting firms (BAR Environmental 1996; Stantec 2003, 2004; NSC/QTC  2006) as part of ongoing investigations into contaminated sediments.     In addition, underwater video coverage taken by Environment Canada on November 23, 2005  and July 13, 18, and 19, 2006 were interpreted by Northern Bioscience to determine substrate  and other habitat features.  The Environment Canada videos have global positioning system  (GPS) coordinates overlain with the image, allowing the video images to be georeferenced.   Northern Bioscience interpreted the 2005 and 2006 videos and created a georeferenced  database (point ArcGIS shapefiles) from the 41 videos. (Figure 5)  The videos were typically of  short duration and covered a short stretch (5 to 25 m) of bottom.  Habitat variables were  recorded for a total of 220 points along these transects. At each point, the UTM coordinates,  running time, substrate, woody debris, aquatic vegetation, and other habitat features were  described.  Due to limitations of video interpretation, substrate were identified as pulp,  flocculent organic, fine sediments (<2 mm diameter), gravel (2‐64 mm), and cobble (>64 mm).         Figure 5.  Location of Environment Canada 2005‐2006 underwater video coverage.  Northern Bioscience       8   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    Results of substrate analysis based on Environment Canada video interpretation and sediment  coring by NSC/QTC (2006) are presented in Figure 6.  The area identified as “Near‐field” by  NSC/QTC (2006) corresponds closely with the boundary of the proposed Contaminated  Sediment Management Area.  Values from Milani and Grapentine sediment cores are in  Appendix 1.      Figure 6.  Substrate of Thunder Bay North Harbour study area based on interpretation of 2005‐2006  Environment Canada underwater video, with interpolated depth of organic/pulp fibre material, and  predominant (>20%) particle size of surface sediment cores (NSC/QTC 2006).  White values indicate %  gravel in corresponding Milani and Grapentine (2006) sediment samples that had >1% gravel.    2.4.1 Near‐field (CSMA) In general, North‐South (NSC/QTC 2006) found Near‐field locations had variably sized top  stratum layers consisting of unconsolidated pulp or pulp mixed with silt/clay. This layer  transitioned to a more consolidated middle layer of silt/clay mixed with organic fibres  Northern Bioscience       9   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    (undistinguishable due to decomposition), which then transitioned to a consolidated loamy  (silt/clay/sand mix) bottom layer (Figure 7).  Gravel, cobble, and other coarse sediments are  absent from the CSMA and Near‐field area, being largely limited to a few spots in the Far‐field  as outlined in Figure 6.  The pulp layer was white in colour and was associated with a strong  pungent pulp odour; Site 17 had an associated creosote‐like odour.    Previous sampling adjacent to Cascades (Thunder Bay Rap Team 1991), found the substrate  consisted of a grey and white fibrous paper material, suggesting that the filtration bed was not  adequately retaining the pulp discharged to the area.  In many Near‐field locations, underwater  video showed a very flocculent pulp substrate that is easily disturbed (Figure 8), with more  consolidated pulp at other locations (Figure 9).  In the latter, a thin layer of bark, silt, or other  dark‐coloured sediment often covers the pale pulp below.  Accumulations of wood chips and  other fine woody debris also overlay the pulp at most of the video transect locations near the  Cascades outfall within the zone of thick pulp (Figure 12).  NSC/QTC (2006) also reported the  occurrence of a discrete wood chip or bark layer in the consolidated substratum material   at some sites across the study area, generally occurring as a thin, darker layer (indicative of  anoxia), ranging from 0.5 to 10 cm thick.            Figure 7.  Extruded sediment cores comprised of pulp from Site 18 (left) and sediment cores collected  from Site 17(right)  in October 2005 (NSC/QTC 2006).    Northern Bioscience       10   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    Pulp thickness was greatest near the Cascades mill, reaching a maximum of over 4 m in depth,  and gradually decreases away from the mill (Figure 11).  Thick pulp (>1 m deep covers an area  of 102,900 m2 within 10‐200 m of the mill, with thin pulp (<1 m thick) covering another 136,750  m2 out to approximately 350 m from the mill (NSC/QTC 2006).        Figure 8.  Flocculent pulp substrate.      Figure 9. Pulp residue with a thin surficial layer of fine woody debris, mainly wood chips.      Figure 10. Finer woody debris including small diameter sticks and wood chips near the Cascades mill.  Northern Bioscience       11   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis        Figure 11.  Interpolated depth of organic/fibre material from probe depth observations in the Thunder  Bay Harbour study area (North South 2006).      Figure 12.  Woody debris identified by video interpretation for Thunder Bay North Harbour study area.  Northern Bioscience   12       Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    The Thunder Bay Harbour has a long history related to the forest industry.  Logs were formerly  run down the Current River into Lake Superior, and Thunder Bay was used historically for  building log rafts to be transported to Wisconsin (Boultbee 1967).  However, based on video  interpretation, logs are relatively sparse in the Thunder Bay North Harbour study area (Figure  12).   Logs can provide structure that may promote establishment of aquatic vegetation and  cover for benthic invertebrates and fish (Figure 13).  The occurrence of a discrete wood chip or  bark layer in the consolidated substratum material was observed at some sites across the study  area,  generally occurring as a thin, darker layer (indicative of anoxia), ranging from 0.5 to 10  cm thick (NSC/QTC 2006).        Figure 13.  Coarse woody debris (i.e., pulp logs)(left), and associated submerged aquatic  vegetation (right).    2.4.2 Mid‐field Based on sediment cores and video analysis, fine‐textured sediments dominate the surface  substrate in the Mid‐field zone, approximately 300 to 700 m from the Cascades Paper mill  (Figure 6).  On underwater videos, the upper layer of sediment tend to be a thin layer of  relatively unconsolidated silt that is easily disturbed (Figure 14). They are found at depths of 2  to 7 m where wave energy is attenuated, allowing fine particles to settle out of suspension.  Compared to the Near‐field zone, Mid‐field sediment types were more consistent throughout  the core depth, comprised of a 3 to 10 cm unconsolidated silt/clay top layer underlain by  consolidated silt/clay (Figure 15).        Northern Bioscience       13   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis        Figure 14.  Soft, silty, sediment in the Near‐field zone (left) and edge of the Far‐field zone (right).      Figure 15.  Sediments cores from S04 in the Near‐field zone (NSC/QTC 2006) with typical 3‐10 cm upper  layer of unconsolidated silt/clay underlain by consolidated silt/clay.    Northern Bioscience       14   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    2.4.3 Far‐field Only one Far‐field video was taken, at the edge of the Mid‐field, so characterization of Far‐field  substrate is based on sediments cores.  Surficial layers in the Far‐field zone were still  predominately silt, but Far‐field sites generally had thinner unconsolidated top layers followed  by bottom layers that had a larger proportion of sand compared to Mid‐field areas (NSC/QTC  2006). For example, average sand in the bottom layers for Mid‐ and Far‐field sites was 15.2 and  33.4%, respectively. Milani and Grapentine’s (2006) Site 10, located in 2.0 m of water at the  mouth of Current River, is mostly sand (84%) , likely due to the scouring effect of the river flow  which prevents fines from settling.      Site 10 at the mouth of the Current River and Site 14 (in 5.5 m water depth) to the east have  5.9% and 9.7% gravel in their sediment cores (Milani and Grapentine 2006).  More offshore in  the Far‐field zone, S07 and S15 have trace (0.3‐0.5%) amounts of gravel, but there was no  gravel present at any other site sampled by sediment cores in Thunder Bay North Harbour.      Shallow water areas in the Mid‐field and Far‐field zones likely have coarser substrates near the  shoreline due to wave action.  Video PRZ‐011 taken just west of the Thunder Bay Water  Aerodrome docks in the Mid‐field zone clearly showed areas of bare sand, as well as variously  sized gravel and cobble (Figure 16).  Although the shoreline is heavily modified, in at least  portions of this narrow littoral band, there is too much wave energy for finer silts to settle out,  at least during the ice‐free season.  Beak (1998) found coarse substrates at several shoreline  locations east of the Current River during 1997 sampling (Figure 17).           Figure 16. Cobble and gravel (left) and mixed with sand (right) in shallow water of the Mid‐field zone.    The Far‐field zone did not have any detectible pulp fibre in surficial sediments (NSC/QTC 2006).  However, a notable outlier compared to other Mid‐ and Far‐field sites for deeper sediments  was Site 24 near the mouth of the Current River beside the Agricore grain elevator.  The  sediment core from this site had a 10 cm thick white pulp layer occurring 35 cm below its  Northern Bioscience       15   Thunder Bay Harbour North Fish Community and Habitat Synthesis    sediment surface, and Total Organic Carbon (10.8%) value that exceeded Ontario sediment  quality Severe Effect Levels (SEL)(NSC/QTC 2006).         Figure 17.  Sediment and benthic macroinvertebrate sampling locations in Thunder Bay Harbour, August  1997 (Beak 1998).    Northern Bioscience       16   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    2.5 Contaminants One of the primary issues identified for the Thunder Bay AOC is mercury (Hg) contamination of  sediments in the northern portion of Thunder Bay Harbour, in the area adjacent to Cascades  mill (Thunder Bay RAP Team 2004).  Milani and Grapentine (2006) found that total mercury  ranges from 0.03 to 39.7 μg/g, and 11 of the 34 sites in the Thunder Bay North Harbour are  above the provincial Severe Effect Level (SEL)(Figure 20).  NSC/QTC (2005) also found that total  organic carbon (TOC) and Hg were above SEL near the mill, and above Lowest Effect Level (LEL)  for most of the study area (Figure 21, Figure 22). Sediment total and methyl Hg levels are  elevated above reference at all Thunder Bay North Harbour sites (Milani and Grapentine 2006,  2007).  The highest Hg concentrations are found along the north shore of the study area, and at  the sites that contain the white fibrous material.  Copper, TOC, nitrogen (TKN), and phosphorus  (TP) all exceed their SEL at some or all stations within the zone of Hg exceedance (Ecometrix  2007).    Total mercury (THg) and methyl mercury (MeHg) concentrations in chironomids at the majority  of Thunder Bay North Harbour sample sites are elevated compared to reference sites.   Concentrations of THg and MeHg in sediments are strongly predictive of concentrations in  chironomids indicating that sediment is the source of the Hg.  Overall, a total of 8 sites are  severely toxic or toxic, with 6 of these sites located near the paper mill outfall (Figure 20).  Toxicity is related to metal contaminants but there may be unmeasured stressors involved or  substrate related factors (e.g., pulp fibres) for some sites.  Potential impacts of contamination  have not been determined for fish species that may use the Thunder Bay North Harbour.  2.5.1 Benthic Invertebrates Milani and Grapentine (2007) identified that sediments from some sites located within the  northern harbour area were acutely toxic due to a combination of grain size, elevated metals  (including mercury) and nutrients, and  concluded that benthic communities in this area were  altered in comparison to Great Lakes reference sites. Sampling in 1995 found a greater  abundance of benthic organisms near the mill, but a reduced number of taxa (BAR 1996).   Fletcher et al. (2007) suggest that species richness (i.e., number of taxa) is reduced in the  Thunder Bay North Harbour compared to reference sites.    More recent sampling by Milani and Grapentine (2007) showed that sites closest to the paper  mill outfall are less diverse than the remaining test sites and are less diverse than Great Lakes  reference sites.  According to Milani and Grapentine (2007), Thunder Bay North Harbour  benthic communities have increased in diversity and are dominated by typically pollution‐ tolerant taxa such as tubificids, chironomids, and sphaeriids.  The pollution‐sensitive haustoriid  amphipod, Diporeia hoyi, was absent from the North Harbour (Milani and Grapentine 2006).   Northern Bioscience       17   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    The altered benthic community is generally indicative of a response to organic contamination  and nutrient enrichment from the mill, not mercury.  Pulp fibres are likely not a suitable  substrate for burrowing invertebrates such as Hexagenia.  Benthic invertebrates families found  at each sample site (Milani and Grapentine 2007) are presented in Appendix 3.      Sampling conducted by OMOE in 2002 (Fletcher et al. 2007) found that all sample stations in  the Thunder Bay North Harbour tended to have benthic communities dominated by  oligochaetes, harpacticoid copepods and chironomids. Of these organisms, oligochaetes in  particular have long been associated with nutrient enrichment and poor water quality (Hynes  1960).  Other taxa that were observed included nematodes, lepidopterans, coleopterans and  polychaetes, but sampled sites had significantly fewer gastropods and bivalves compared to  reference sites.  Ecometrix (2007b) observed that the benthic invertebrate community of the  Thunder Bay North Harbour was typical of enclosed harbour areas in the Great Lakes, with its  high abundance of oligochaetes and chironomids, few or no amphipods and a low species  richness compared to enriched locations.  The spatial pattern in the benthic community  composition within the Inner Harbour suggests there are fewer taxa in the Near‐field zone  high–TOC zone (CSMA) near the mill compared to Far‐field stations (Ecometrix 2007b).     In addition to benthic invertebrates, other invertebrates that are found on aquatic vegetation  or in the water column are also present on site.  For example, an amphipod and a water  boatman (Corixidae) were observed on the Environment Canada videos from July 2007 (Figure  18).  Some species of amphipods occur on aquatic vegetation where they browse on the film of  microscopic plants, animals, and organic debris covering leaves, stems and other substrate  (aufwuchs) (Pennak 1989). Pugh (1989) found that the amphipod Gammarus is widely  distributed in sheltered shallow waters of the Thunder Bay Harbour. Even if sediments are  contaminated or unsuitable (e.g. pulp) for burrowing invertebrates, submerged aquatic  vegetation can provide habitat for invertebrates which in turn are prey for fish.  No information  on zooplankton or other pelagic prey is available for the study site, although these taxa are  important food sources for larval and small fish.    Contaminants levels in invertebrates will have an effect on anything feeding on them, including  fish.  Invertebrates are primary prey of many small fish species, as well as YOY and adults of  many sportfish species.  These include benthic macroinvertebrates found in or on the lake  bottom, typically within the upper 10‐15 cm of sediment, and those that are more oriented to  submergent aquatic vegetation and woody debris.    Northern Bioscience       18   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis        Figure 18.  Possible amphipod or scud (left) and water boatman (Corixidae)(right) from Environment  Canada underwater videos.  2.5.2 Impacts on Fish The chief environmental issue of concern in the Thunder Bay AOC is the elevated mercury  remaining in sediments in the North Harbour and the potential risk to fish, wildlife and humans  through biomagnifications (Milani and Grapentine 2007).  The sediments in Thunder Bay North  Harbour are not at the level of toxicity that that they are lethal to fish held in water over  contaminated sediments   (Ecometrix 2007).  However, mercury, chlorinated organic  compounds, and other contaminants bioaccumulate in upper trophic levels predominately  through dietary pathways (Bodaly et al. 1997; Downs et al. 1998).  While lower trophic levels  may be relatively unaffected, biomagnification may result in high tissue levels of contaminants  in fish that potentially induce negative effects on survival, reproduction, or growth of the  species, and any predator that consumes them.    In 1998, sculpins, YOY white suckers, and adult walleye were sampled for mercury levels in the  Thunder Bay North Harbour and reference areas (Stantec 2003).  Total Hg in mottled sculpin  collected in the Thunder Bay North Harbour study area are 3‐4 times higher than that in the  reference area located outside the breakwall, but fish from the Near‐field area were well below  the MOE restricted consumption level of 0.45 ug/g for fish flesh (Stantec 2003).  Total Hg levels  are reported as ranging from 0.011 to 0.086 ug/g ww for the young‐of‐year sucker. Mercury  bioaccumulation was demonstrated in forage fish (sculpins and YOY white suckers), but the  levels were to be considered of minor ecological importance (Stantec 2003).  Based on  benchmark levels of 1 to 5 μg/g (Niimi and Kissoon 1994), present Hg levels are not high  enough to have adverse effects on forage fish (Ecometrix 2007).    In 2002, OMOE examined mercury tissue concentrates in forage fish from near the Cascades  Mill outfall, the Current River mouth, and a reference site (Cloud Bay).  Spottail shiners, mottled  sculpin, longnose suckers, white suckers, and yellow perch with mean length ranging from 6.3  Northern Bioscience       19   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    to 8.4 cm were sampled.   Mercury concentration for all fish collected from the outfall or  Current River Mouth exceed CCME tissue residue criteria (Figure 19; OMOE 2007).  Levels of Hg  in mottled sculpin and yellow perch are high enough for fish consumption restrictions.        Figure 19.  Mercury concentrations in young fish collected from Thunder Bay (OMOE 2007). The solid line  represents the CCME2,b tissue residue guideline for methyl mercury (MeHg). The hatched line indicates  the fish consumption advisory for sport fish3; the numbers provided (a) represent the advised number of  meal per month for the sensitive population (women of child‐bearing age and children under 15).    Mercury levels in muscle of white sucker and walleye sampled in 1998 were lower than those  recorded in the Thunder Bay AOC in the 1970s.  However, the methyl Hg concentrations for  whole walleye (mean 405 ng/g) sampled in the North Harbour study area by Stantec in 1998  remain above the CCME tissue residue guidelines for the protection of fish‐consuming wildlife  (Milani and Grapentine 2007).  Contaminants levels in walleye were virtually identical inside  and outside the harbour suggesting that contaminated sediment in the Thunder Bay North  Harbour has had little influence on mercury concentrations in walleye.  Recent data from the  MOE sportfish monitoring program showed that levels of mercury in walleye from the Inner  Harbour were similar to those reported in 1998 (Ecometrix 2007).  In contrast, mercury levels in  white suckers and northern pike from the Inner Harbour have increased since 1998 (Ecometrix  2007).  This apparent reversal of the downward trend that was cited by Stantec (2003) was  considered by Ecometrix (2007) to be perhaps the most important change that has occurred.    A 2002 survey of contaminant levels in white sucker and lake trout from around the mouth of  the Kaministiquia and Mission Rivers found higher than predicted levels of Hg in white suckers  and elevated levels in lake trout as well (MOE 2003a). The higher Hg observed in sucker could  result from the fact that suckers are more associated with sediments in diet and habit than the  Northern Bioscience       20   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    trout (Scott and Crossman 1973), and likely have more restricted habitat use areas (Minns et al.  1996). Milani and Grapentine (2007) predicted that under average conditions (intermediate  scenario) mercury could bioaccumulate at five sites in the North Harbour in yellow perch and  walleye to levels that could potentially have adverse effects.    Observations of methyl mercury concentrations in various species residing in the Thunder Bay  AOC suggest that this metal does accumulate in tissues of higher trophic level members of  aquatic food webs.   Hg data for the inner Thunder Bay Harbour clearly show that Hg is  accumulating in higher trophic organisms to levels above guidelines, evidence of an actual  problem in the Harbour.      Figure 20. Thunder Bay North Harbour sites that show toxicity and potential mercury biomagnification  (Milani and Grapentine 2007).  Northern Bioscience         21   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis       Figure 21. Spatial distribution of total organic carbon (TOC) and  comparison to provincial sediment quality guideline (PSQG) severe  effect level (SEL) and lowest effect level (LEL) in surficial sediments  (0‐10 cm) collected in the study area, October 2005 (from NSC/QTC  2006).  Northern Bioscience         Figure 22. Spatial distribution of mercury and comparison to  provincial sediment quality guideline (PSQG) severe effect level (SEL)  and lowest effect level (LEL) in sediments collected at depths of 0‐10  cm in the study area, October 2005 (from NSC/QTC 2006). 22   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    2.6 Aquatic Vegetation 2.6.1 Distribution and Abundance Interpretation of 2005‐2006 Environment Canada underwater video showed that aquatic  macrophyte density varies throughout CSMA, from no submergents immediately adjacent to  the mill to dense submergents along the margin of the Near‐field zone.  Aquatic macrophytes  were generally not observed in the CSMA within approximately 50‐150 m of the Cascades mill  outfall where there were deep deposits of pulp (Figure 23)(Appendix 2).  North South (2006)  reported that aquatic vegetation was present at all Near‐field sampling stations except Site 18  where there was thick pulp (see S18 on Figure 23).  The absence of submergents in videos taken  in the CSMA near the Cascades mill may reflect the unsuitability of flocculent pulp as a rooting  medium, rather than contaminants. The absence of submergents elsewhere in the nearshore  zone may be due to wave action.  Wave action in shallow water (<50 cm deep) limits  submergents in the Pool 6 basin in the Thunder Bay Harbour, but where it is more sheltered in  the adjacent Tug Basin there are dense beds of submergents (Harris et al. 2010).        Figure 23.  Distribution of submerged aquatic vegetation (macrophytes) in the Thunder Bay North  Harbour study area based on interpreted 2005‐2006 Environment Canada video.    Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    There were dense areas of submergents east of mill outfall near Bare Point, even though pulp  depth exceeded 1 m in those areas.  The protected cove near Bare Point may be sheltered  enough minimize wave action and support dense submergent growth despite thick pulp  deposits.    Farther out in the CSMA in water depths typically less than 3 m, underwater video showed  dense submergents rooted in thin deposits of pulp.  North South (NTC/QTC 2006) also reported  that aquatic vegetation occurred at all Near‐field sampling locations, with the exception of Site  18. Nutrient enrichment from the former mill discharge and pulp may help support these dense  beds of submergents.  One of the most common submergents in the CSMA is Canada  waterweed, a species that is common in nutrient‐rich or eutrophic conditions (Lind and Cottam  1969; Nichols and Shaw 1986). Wave action can limit submergent growth in shallow water and  light penetration which is dependent on water clarity ultimately limits macrophyte growth in  deep water.      Underwater video indicated that that submergent vegetation was less widespread in the Mid‐ field zone, and was predominately comprised of sparse to dense Canada waterweed, along with  sparse pondweeds and water milfoil.  North South (NSC/QTC) observed that aquatic vegetation  was much less common in Mid‐ and Far‐field areas, being observed at only one Mid‐field  location. There was no underwater video in the Far‐field areas, but water depths that are 3‐11  m deep may limit submergent growth there due insufficient light to support photosynthesis in  deeper water.   2.6.2 Species Composition Underwater videos revealed that Canada waterweed (Elodea canadensis) was the most  widespread and abundant species in the Thunder Bay North Harbour Study area (Figure 24),  often forming dense beds 30‐50 cm in height (Figure 25).  While conducting sediment sampling  with cores, probes, and hydroacoustic surveys, North South (NTC/QTC 2006) also found that  aquatic plant growth, though patchy,  predominantly consisted of dense mats of Canadian  waterweed (Elodea canadensis).  Elodea rapidly invades areas that have been disturbed by  natural or anthropogenic causes, including subtle disturbances such as accelerated  eutrophication (Lind and Cottam 1969; Nichols and Shaw 1986). It is found in other adverse  sites in the Thunder Bay AOC including the Stormwater Basin adjacent to a storm sewer outfall  at Wilson Street Headland (Harris et al. 2010) and in the heavily contaminated Northern Wood  Preservers marsh (Entwistle 1986). Canada waterweed is found on a wide variety of sediment  types but grows best on fine sediments where organic matter is 10‐25% (Nichols and Shaw  1986 and reference therein). Substrates that are too coarse don’t provide good anchorage and  may be nutrient‐poor; conversely, fine bottom sediments can be too soft and flocculent to  support smartweed growth (Nichols and Shaw 1986).   Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis      Canada waterweed has been observed in the leafy condition under snow‐covered ice and can  overwinter as entire plants (Stuckey et al. 1978); it is unknown to what extent, if any, it might  die back under the low light conditions experienced in Thunder Bay North Harbour during  winter.        Figure 24.  Distribution of submergent species in the study area based on interpreted 2005‐2006  Environment Canada video.    Water milfoil (Myriophyllum sp.) (Figure 26) and narrow‐leaved pondweeds (Potamogeton  spp.)(Figure 27) were less widespread in the study area than Canada waterweed.  They were  usually less dense where they occurred, although they were typically taller (30‐150 cm) than  surrounding waterweed in videos.  The Myriophyllum in the Environment Canada videos was  likely bracted water milfoil (M. verticillatum), although the non‐native Eurasian water milfoil  (M. spicatum) is also known from the Thunder Bay harbour as well (Schloesser et al. 2012;  Thunder Bay RAP Team 2004).      At least two species of pondweeds are present in the Thunder Bay North Harbour, although the  species cannot be determined from the Environment Canada videos. Richardson’s pondweed  (P. richardsonii) and flat‐stemmed pondweed (P. zosteriformis) are found in similar habitats  elsewhere in up to 3 m depth elsewhere in the Thunder Bay harbour (Harris et al. 2010).   Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Several other species of pondweeds have also been recorded for the Thunder Bay harbour (e.g.,  P. alpinus, P. foliosus, P. gramineus, P. natans, P. perfoliatus, and P. pectinatus)(Thunder Bay  RAP Team 2004). According to North South (NTC/QTC 2006), pondweeds (Potamogeton  species) also occurred in the Near‐field area and along the breakwall, but were generally  sparse.  Stantec (2004) mentions that macrophyte growth recently increased in the harbour,  but no supporting data were found to verify this trend.  Surprisingly, no stonewort or muskgrass  (Chara spp.) was the observed in the underwater video of Thunder Bay North Harbour.  This  jointed, filamentous macroalgae was the most abundant submergent in Jellico Cove and was  found in association with Canada waterweed (Foster 2011).        Figure 25.  Dense Canada waterweed (Elodea canadensis) in Thunder Bay North Harbour.      Figure 26.  Water milfoil (Myriophyllum sp.) in Thunder Bay North Harbour.    Northern Bioscience     Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis        Figure 27.  Narrow‐leaved pondweed (upper and lower left) and possible pondweed with algae (lower  right).      3 Fish Community Limited information on fish and fish habitat use is available for the Thunder Bay North Harbour  study area.  Previous studies in the Thunder Bay harbour have largely focussed on:   the Northern Wood Preservers Marsh as part of NWPARC (e.g., Parker et al. 2008);    the Mission Marsh and McKellar marshes at the mouth of the Kaministiquia River as  part of the RAP;   Thunder Bay marina area related to development (e.g., Harris et al. 2010);   early detection of invasive fishes in Lake Superior, primarily near the mouth of the  Kaministiquia River (e.g., Schloesser et al. 2011, 2012);   Current River to assess walleye rehabilitation (e.g., Forward 1996; Foster 2011);   other tributaries e.g., McVicar’s Creek, MacIntyre River, Neebing River (e.g. Ball and  Tost 1990; Hartviksen and Momot 1987; LSPO 1996; Parker et al. 2008).  Nearly all available fish community data predate the closure of the mill in 2009.  The data may  not reflect the current fish community as the warm waters of the mill effluent may have  attracted some fish close to the outfall, and it may have affected primary productivity in the  vicinity.    The most recent fisheries study that included the Thunder Bay North Harbour study area was  invasive species monitoring conducted by the USFWS (Schloesser et al. 2012).  In August 2011,  they sampled 30 electrofishing, 15 fyke net, and 16 trawl sites in the Thunder Bay Harbour and  adjacent areas, capturing 8046 fish of 29 species.  Rainbow smelt (mainly YOY), ninespine  stickleback, spottail shiner and white sucker were the most abundant species, with only 40  walleye sampled (all near the mouth of the Kaministiquia River).  Unfortunately, only one trawl  was sampled in the Thunder Bay North Harbour; trawl #6 yielded one Johnny darter and 5  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    ninespine stickleback. Rainbow smelt, ninespine stickeleback, spottail shiner, and slimy sculpin  were the most common species observed during 2010 invasive species sampling in the Thunder  Bay Harbour (Schloesser et al. 2011), with only 6 brook stickleback, 4 ninespine stickleback, and  1 fourspine stickleback sampled in the one bottom trawl from the Thunder Bay North Harbour.    More extensive sampling was conducted by OMNR’s Upper Great Lakes Management Unit in  2006 to sample fish for contaminants (UGLMU 2006).  Sampling was conducted in Near‐field  and Far‐field areas of the Thunder Bay North Harbour (Figure 28), as well as Cloud Bay (as a  control).  Sampling methods included gill nets, minnow traps, backpack electrofishing, seine  netting, and boat electrofishing.   Other small fish surveys were conducted by Beak near the  Cascades site in July 20‐24, 1998 using trap nets, minnow traps and electrofishing, and gill  netting was conducted in November 1998 to support a telemetry project that ran until January  2001 (Stantec 2003)(Figure 28).  Spring trap‐netting at the mouth of the Current River (Forward  1996; Bobrowicz 2011) has been conducted in multiple years to assess the success of walleye  spawning habitat rehabilitation; these efforts also provide information on other species that  use the Thunder Bay North Harbour study area.    The relative abundance and significance of fish populations in Thunder Bay is difficult to  determine based on published fisheries assessments given the variability in study locations and  purposes, and point‐in‐time nature of most sampling.  Previous studies indicate yellow perch  were among the more common species in nearshore waters of Thunder Bay Harbour, including  the marina (e.g. Parker et al. 2008; Earth Tech 2003).  Rainbow smelt were the most abundant  species sampled during electrofishing by OMNR in 1994 and by OMNR and DFO in 2008 (LSPO  1996; Parker et al. 2008).  Spottail shiner is probably the most common cyprinid (minnow)  species in the study area based on 2009 results and previous studies (Harris et al. 2010).    Young‐of‐the‐year (YOY) white suckers were by far the most abundant fish sampled within the  Thunder Bay North Harbour in 1998 (Stantec 2003; Appendix 6).    Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis      Figure 28.  Fish survey and netting areas by OMNR (2006) and Stantec (2003).    IB = industrial background;  NF = Near‐field;  FF = Far‐field;  R = Reference    The limited data for the Thunder Bay North Harbour study area constrain analysis of habitat use  and significance by various fish species.  It is therefore necessary to draw inferences from  studies from elsewhere in the Thunder Bay harbour and adjacent Lake Superior with respect to  the pool of fish species that may potentially use habitats in the study area.  Approximately 89  species of fish are documented from Lake Superior basin, of which 25 (28%) species are not  native (Lawrie 1978; Minnesota Sea Grant 2012).  Other species not found during past sampling  may potentially utilize the Thunder Bay North Harbour at some point in their life cycle.  Of the  55 species recorded for Thunder Bay and adjacent Lake Superior, 15 (27%) are not native to  Lake Superior and were introduced either inadvertently or intentionally.  Threespine and  fourspine sticklebacks have been present in the Thunder Bay Harbour since at least 1986‐87  (Hartviksen and Momot 1987) and ruffe since 1991 (Johnson 1991).  Most of the salmonids  were introduced intentionally long ago and are now largely considered naturalized.    Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Of a total of 28 species found in the Thunder Bay North Harbour study area during 2006 OMNR  sampling (not all species known from the area were found in 2006), the most abundant species  were (in descending order): yellow perch, white sucker, longnose sucker, mottled sculpin, ruffe,  spot‐tailed shiner, and rainbow smelt (Table 3). Fewer numbers (<10) were caught of walleye,  northern pike, smallmouth bass, rock bass, burbot, common carp, and other large fish species.   Five of these species are non‐native: rainbow trout, rainbow smelt, threespine stickleback,  fourspine stickleback and ruffe.   Six species found in the Far‐field area were not observed in  the Near‐field area in 2006 including: walleye, round whitefish, central mudminnow, fathead  minnow, emerald shiner, and alewife.  Silver redhorse was only sampled in the Far‐field area in  2006, (Bobrowicz 2011b), bringing the total confirmed species from the Thunder Bay North  Harbour study area to 43 when including the mouth of the Current River.       The top predators found in the Thunder Bay North Harbour are northern pike and walleye,  although they are both reduced in abundance compared to historical levels.  The number of  spawning walleye in the Current River have declined from 1485 (1993) to 364 (2010) based in  mark‐recapture population assessments (Bobrowicz 2011b). There is movement of adult  walleye between the Current and Neebing rivers (Forward 1996) and a significant number of  walleye tagged in the Current River in the spring of 2010‐2011 were later recovered in the  Kaministiquia River, as far up as Stanley (Bobrowicz 2011b), demonstrating that walleye will  move considerable distances in Thunder Bay Harbour.  Telemetry in 1999‐2001 showed that the  radio‐tagged northern pike, longnose sucker, and white sucker used the Thunder Bay North  Harbour approximately 25‐30% of the time (Stantec 2003).  They were observed in the study  area throughout the year, but more commonly in the summer months. One radio‐tagged white  sucker was present in the high mercury area less than 10% of the time.    Table 3.  Documented fish species1 and life stages2 for the Thunder Bay North Harbour study area and  adjacent areas of Lake Superior and tributaries.  Species marked with an * are not native to Lake  Superior.    Study Area  Near‐ Far‐field field  Species  Lamprey Family (Petromyzontidae)  American Brook Lamprey (Lampetra lamottei)  Sea Lamprey* (Petromyzon marinus)  Silver Lamprey (Ichthyomyzon unicuspis)  Sturgeon Family  (Acipenseridae)  Lake Sturgeon (Acipenser fulvescens)  Freshwater Eel Family (Anguillidae)  Northern Bioscience                     Thunder  Bay  Harbour  Thunder  Bay                              Current  River      S,N               A  A  A      A?     A  A         A     A     Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Study Area  Near‐ Far‐field field  Species  American Eel* (Anguilla rostrata)  Herring Family (Clupeidae)  Alewife* (Alosa pseudoharengus)  Gizzard Shad* (Apeltes quadracus)  Minnow Family (Cyprinidae)  Blacknose Dace (Rhinichthys atratulus)  Blacknose Shiner (Notropis heterolepis)  Bluntnose Minnow (Pimephales notatus)  Common Carp* (Cyprinus carpio)  Common Shiner (Notropis cornutus)  Creek Chub (Semotilus atromaculatus)  Emerald Shiner (Notropis atherinoides)  Fathead Minnow (Pimephales promelas)  Finescale Dace (Chrosomus neogaeus)  Lake Chub  (Couesius plumbeus)  Longnose Dace (Rhinichthys cataractae)  Northern Pearl Dace (Margariscus margarita)  Northern Redbelly Dace (Chrosomus eos)  Spottail Shiner (Notropis hudsonius)  Sucker Family (Catostomidae)  Longnose Sucker (Catostomus catostomus)  Shorthead Redhorse (Moxostoma macrolepidotum)  Silver Redhorse (Moxostoma anisurum)  White Sucker (Catostomus commersoni)  Pike Family (Esocidae)  Northern Pike (Esox lucius)  Mudminnow Family (Umbridae)  Central Mudminnow (Umbra limi)  Smelt Family (Osmeridae)  Rainbow Smelt* (Osmerus mordax)  Trout Family (Salmonidae)  Brook Trout (Salvelinus fontinalis)  Brown Trout* (Salmo trutta)  Chinook Salmon* (Oncorhynchus tshawytscha)  Cisco (Lake Herring) (Coregonus artedi)  Coho Salmon* (Oncorhynchus kisutch)  Lake Trout (Salvelinus namaycush)  Lake Whitefish (Coregonus clupeaformis)  Northern Bioscience         Thunder  Bay  Harbour  Thunder  Bay   A   A                    Current  River      A                          A     A     A  A        A    A  A  A  A     A  A     A  A  A  A  A     A  A  A   A            N, A   A      A        A  S, A  A  N, A     N, A     S, N, A     A     A     S     S, N, A                       A     A           A     A     A              A         A         A   A            N, A  A     A  A  A  N, A  A  A  A  A  A  A  A  A  A     N, A  A     A  A  A  A  A   N, A  A  A   A  A  N, A     A     N, A                    N, A  A  A  N, A     N, A  A  A    N,A     N, A     N, A     A     A     A     A           A  N, A      A  N, A     A  A  N, A  A  A  N, A  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Study Area  Near‐ Far‐field field  Species  Pink Salmon* (Oncorhynchus gorbuscha)  Rainbow Trout* (Oncorhynchus mykiss)  Round Whitefish (Prosopium cylindraceum)  Trout‐perch Family (Percopsidae)  Trout‐perch (Percopsis omiscomaycus)  Cod Family (Gadidae)  Burbot (Lota lota)  Stickleback Family (Gasterosteidae)  Brook Stickleback (Culaea inconstans)  Fourspine Stickleback* (Apeltes quadracus)  Ninespine Stickleback (Pungitus pungitus)  Threespine Stickleback* (Gasterosteus aculeatus)  Sculpin Family (Cottidae)  Mottled Sculpin (Cottus bairdi)  Slimy Sculpin (Cottus cognatus)  Sunfish Family (Centrachidae)  Black Crappie* (Pomoxis nigromaculatus)  Rock Bass (Ambloplites rupestris)  Smallmouth Bass (Micropterus dolomieu)  Perch Family (Percidae)  Johnny Darter (Etheostoma nigrum)  Logperch (Percina caprodes)  Ruffe* (Gymnocephalus cernuus)  Walleye ( Zander vitreus)  Yellow Perch ( Perca flavescens)  Gobies (Gobiidae)  Round Goby* (Neogobius melanostomus)     A     A  A  A  A        A      A        A  A  A  N, A  N, A        A  A     A  N, A  N, A  N, A  A  S, N, A  A  A  A  N, A  A  N, A  A        N, A  A  A  A        A  A           A  N, A              A  N, A  A        A  A     N, A  A  A  A  A  A     A     A   N, A  N,A  A  N, A  A            A  N, A  A  A        S, N   S, N  A           Thunder  Bay   A  A     Thunder  Bay  Harbour      A  A  A         Current  River   A           N, A  A     A   N, A  A     A  A  A  A  N, A  A  A  N, A  N, A  N, A  A  A    1  presented in taxonomic order (Hold et al. 2009) by family then alphabetical by common name  S=Spawning;  N=Nursery (presence of YOY or juveniles based on total length);  A=Adult      2    Sources: Bobrowicz (2011b); Cullis (1988); Foster (2011); GBIF (2012); Harris et al. (2010);  Hartviksen and Momot (1987); Parker et al. (2008); Stantec (2003); Thunder Bay RAP Team  (1991, 2004); UGLMU (2006)    Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    3.1 Species at Risk Several aquatic Species At Risk (SAR) are known from Lake Superior and could potentially use  Thunder Bay North Harbour at some point in their life cycle.      Great Lakes‐Upper St. Lawrence populations (DU8) of the Lake sturgeon (Acipenser fulvescens)  are considered Threatened by COSEWIC (2006) although they have not been added to Schedule  1 of SARA (Government of Canada 2012d). They are listed as Threatened under Ontario’s ESA  however (Government of Ontario 2012c). Lake sturgeon are found in Kaministiquia River below  the Kakabeka Falls (Friday 2009) and they may forage in Thunder Bay Harbour.  One lake  sturgeon was recorded by Stantec (2003) during 1998 netting done by Beak.  It was netted in  one of the Industrial Background sample areas (Figure 28), either at the mouth of the Current  River or south of the Agricore United grain elevator.  Lake sturgeon could conceivably forage in  the study area; no assessment sampling with appropriate gear (e.g., large mesh gill net) has  been conducted there.     Great Lakes and Upper St. Lawrence populations of silver lamprey (Ichthyomyzon unicuspis) are  listed as Special Concern by COSEWIC (2011) and closely‐related northern brook lamprey  (Icthyomyzon fossor) is listed as Special Concern both federally and provincially (COSEWIC  2007).  Although rare in the Thunder Bay area (Hartviksen and Momot 1987) due to lampricide  treatments, larval Ichthyomyzon have been recorded from the Kaministiquia River and the  Neebing‐McIntyre Floodway, and silver lamprey are known from the latter (COSEWIC 2007).   Non‐parasitic northern brook lampreys are river‐resident and would not be found in the  Thunder Bay Harbour North.  Larval silver lamprey are found in rivers, but the adults have a  parasitic phase.  Many of its host fish species (e.g., walleye, white sucker, longnose sucker, and  lake whitefish) move between Lake Superior and spawning tributaries, so it is possible that  silver lamprey could be found in the Thunder Bay North Harbour study area.      The remaining Lake Superior‐inhabiting Species at Risk are all Special Concern (at least  federally) and are unlikely to be found in the study area based on their habitat preferences:   Shortjaw cisco (Coregonus zenthicus) is also Threatened under SARA and Ontario’s ESA.   However, the species typically inhabits deeper water (i.e., 55 to 144 m), moving into  shallower water to spawn (COSEWIC 2003).  In Lake Superior, spawning probably occurs  in 37‐73 m over a clay bottom (Scott and Crossman 1998).  There is no evidence that it is  found in the study area.     The upper Great Lakes population of kiyi (Coregonus kiyi kiyi) lives in the deepest part of  Lake Superior and is rarely collected in waters less than 108 m deep (COSEWIC 2005). It  lives in a clear, poorly lit, coldwater environment year round and spawning occurs at a  depth of 108 m (Parker 1989; Scott and Crossman 1998).  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis     Deepwater sculpin (Myoxocephalus thompsonii) are most common at depths greater  than 70 m in Lake Superior and have been found as deep as 407 m (Selgeby 1988).     4 Fish Habitat The very sparse and imprecise information available for historical fish habitat prior to industrial  development in Thunder Bay limits our ability to compare current fish habitat in the Thunder  Bay North Harbour to historical use.  In addition, the suite of fish species using Thunder Bay  North Harbour is different than in the past, due to changes in the Lake Superior fish community  from reduced abundance of native species as a result of overharvest, habitat loss, and the  invasion or introduction of non‐native fish such as sea lamprey, rainbow trout, rainbow smelt,  threespine stickleback, alewife, and salmon species.      In general, the suitability of the Thunder Bay North Harbour study area for nursery habitat may  depend on a number of factors including:    Biophysical parameters such as   o water temperature  o water depth  o water clarity  o water quality  o cover  o substrate   type and abundance of prey,    competitive interactions with other species, and   predation.    The relative importance of these variables, and their interactions, will vary depending on fish  species, life stage, and time of year.    4.1 Spawning Habitat No fish eggs or fry were observed during examination of Environment Canada videos recorded  for substrate analysis (see Figure 6), however the 2005 videos were take in November when  eggs for most species are not present.  The flocculent nature of the pulp likely limits its  suitability for spawning in the CSMA, but fish species with adhesive eggs could spawn on the  submergents rooted in pulp.  No field surveys assessing spawning habitat have be previously  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    conducted in the CSMA, nor were any conducted for this report.  Therefore, there are no direct  observations of spawning fish or spawning habitat, and possible use can only be inferred.  4.1.1 Yellow Perch In small lakes, yellow perch typically spawn in shallow water near rooted vegetation or coarse  woody debris, but also sometimes over sand or gravel (Scott and Crossman 1998).  Their semi‐ buoyant gelatinous egg skeins undulate with water movement and adhere to submerged  vegetation or, less commonly, the bottom.  The Canada waterweed, pondweeds and water  milfoil in the CSMA may be a suitable substrate, but spawning has not been confirmed in the  Thunder Bay North Harbour study area.  Less is known about yellow perch spawning behaviour  in the Great Lakes, but they spawn over cobble and mixed substrates along waveswept Lake  Michigan shorelines where aquatic macrophytes and woody debris are absent (Robillard and  Marsden 2001).  Young yellow perch were found in the study area in multiple years (Stantec  2003; OMNR 2006) which strongly suggests they spawn in the North Harbour or vicinity.  4.1.2 Northern Pike Although adult northern pike have been observed in Thunder Bay North Harbour, the apparent  lack of shoreline wetlands suggest that the CSMA has no suitable areas for northern pike  spawning.  Nearly all of the shoreline in the Thunder Bay North Harbour study area is heavily  modified near the Port Arthur Shipyards, the floatplane base, and the Cascades mill.  There is  no original, natural shoreline and few if any emergents based on available 1:2000 aerial  photography and GoogleEarth imagery.  4.1.3 Lake Trout Lake trout spawn in the fall typically on clean, well‐oxygenated cobble and rock shoals or wave‐ waved shorelines (Scott and Crossman 1998).   Goodier (1981, 1982) conducted interviews with  experienced commercial fishermen and compiled other historical evidence on the location of  historic (pre‐1955) spawning and fishing grounds for lake trout and other species in Lake  Superior.  Goodier (1981) states that “within Thunder Bay the majority of potential spawning  grounds lie along the northern and western shores”.  Lake trout spawning grounds were  recorded from Hare Island reef, Pie Island, and Caribou Island, and Little Buck Island, but it is  unknown if any historically spawned near the mouth of the Current River.  Goodier (1981) did  report that “it as possible to catch black trout off the breakwall at Port Arthur and Fort  William.” and Goodyear (1982) reported that lake trout historically spawned along the  breakwall, but it is not known where in the Thunder Bay Harbour.    The limited video available indicates that there is no clean cobble in most of the study area that  is consistent with preferred spawning habitat for lake trout.  The exposed aspect and deeper  waters adjacent to the breakwall suggests there might be enough wave energy to keep the  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    cobble/rock freer of silt and fine sediments that would otherwise reduce suitability as spawning  substrate for lake trout and other fish.  These conditions are more likely to be met on the  lakeward side of the breakwall rather than within the confines of the harbour adjacent to the  CSMA.  Whether there are lake trout actually using this habitat is unknown as there has been  no assessment in this area, and historical accounts are very vague.   Available data for the  mainland shoreline indicates that there are no coarse substrates suitable for lake trout  spawning within the CSMA.  The limited video coverage suggests that there may be pockets of  gravel, cobble and rip rap along the shoreline west of the CSMA that could potentially be  suitable spawning habitat for lake trout and other species that prefer coarser substrates.   However, it is not known if there is sufficient wave energy to keep these shorelines adequately  oxygenated or if they are otherwise suitable.  4.1.4 Lake Whitefish and Lake Herring No historic spawning or fishing grounds for lake whitefish or lake herring were identified by  Goodier (1982) for the harbour, although they spawned elsewhere in Thunder Bay and in the  Kaministiquia River.  Lake herring spawned in Thunder Bay, notably Pie Island, the Welcome  Islands, and Caribou Island, but not in the study area even though seven million herring fry  were planted between 1915 and 1920 near the Port Arthur hatchery at the mouth of the  Current River (Goodier 1982).  Other accounts (Goodyear 1982; Koelz 1929) state that lake  herring historically moved into Thunder Bay and spawned pelagically over mud and clay in  approximately 10 to 45 m of water (exact location not specified).  However, in much of the  North Harbour study area, particularly near the Cascades mill, eggs would likely suffocate in the  flocculent substrate.    4.1.5 River‐Spawning Species Several species of large fish spend the majority of their life in Lake Superior, including the study  area, but spawn in Current River.  These include: walleye, white sucker, longnose sucker,  rainbow trout, and rainbow smelt.  With the exception of some rainbow trout (depending on  flow conditions in the spring), all these species are to spawn in the lower river below the  Boulevard Lake dam.  Silver redhorse is a riverine spawner (Scott and Crossman 1998) and  could potentially spawn in the Current River; alternatively, the lone individual caught at the  mouth in 2011 (Bobrowicz 2011b) could be transient and may spawn elsewhere (e.g.,  Kaministiquia River).    It is unknown if there were any shoal‐spawning walleye in the Thunder Bay North Harbour  study area historically, but walleye have long been documented to spawn in the adjacent  Current River.  Despite the construction of the Boulevard Lake dam in the early 1900s, which  cut off access to potential upstream spawning habitat, Koistenen (1980 in Goodier 1982) stated  that a “substantial spawning population [of walleye] still exists” in the Current River.  In 1984,  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    walleye spawning habitat at the mouth of the Current River was destroyed for the creation of a  federal Small Craft Harbour (Bobrowicz 2011b). As compensation, artificial spawning habitat  was installed nearby along the islands at the mouth of the river in December 1991 (Geiling et al.  1996).  Two sites were downstream extensions of known remnant areas in lotic sections of the  estuary. The third site was influenced more by Lake Superior than the river but was also  suspected to have been used historically for spawning (Geiling 1995).  A series of netting  projects at the mouth of the Current River has assessed spring walleye numbers (Bobrowicz  2011), but recent unpublished OMNR telemetry data suggest that some of these fish may  spawn in the Kaministiquia River. The current use of natural and artificial spawning habitat at  the mouth of the Current River and effectiveness of the habitat rehabilitation measures needs  to be confirmed.     Large numbers of white suckers and longnose suckers are typically caught in nets at the mouth  of the Current River during OMNR spring assessments for spawning walleye, indicating these  species continue to run up the Current River to spawn. Rainbow trout run up the Current River  to spawn (Goodyear et al. 1982), and young typically spend at least two years in the river  (Foster 2011; Jon George OMNR, pers. comm.) before dropping back down to Lake Superior  where they spend their adult life.  The large spawning runs of rainbow smelt have been reduced  since the 1970s, but they still run up the lower reaches of the Current River (Foster pers. obs.;  Goodyear 1982).  4.1.6 Other Fish Species Thunder Bay North Harbour could provide spawning habitat for a number of small fish species  as well.  Sticklebacks also use vegetation for spawning, and could potentially spawn within the  CSMA.  Johnny darters, sculpins, and other small fish species could potentially spawn in gravel,  cobble, and other coarse substrates near the shorelines of the Thunder Bay North Harbour  study area, and bare sand can provide spawning habitat for some species such as spottail  shiners and other cyprinids.  The video and other habitat data for nearshore environments  within the Thunder Bay North Harbour study area is too limited to confirm if potentially  suitable spawning habitat is present and used by for these species however.  Pulp deposits  along the shoreline of the CSMA likely impair its suitability for species that spawn directly on  the bottom substrate.   4.2 Nursery Habitat The Thunder Bay North Harbour study area provides nursery habitat for fish species that spawn  in the study area, as well as fish that spawn in the Current River.  Young‐of‐the year (YOY)  longnose and white suckers (7.2‐7.9 cm mean length) were sampled by OMOE in September  2006 (Fletcher 2007) in the vicinity of Cascade Fine Paper and near the mouth of the Current  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    River.  These fish likely originated from the Current River, as do juvenile walleye reported from  the study area.   During July 1998, large numbers of white sucker were caught in minnow traps,  electrofishing, and /or trapnets at most sampled sites in the North Harbour (Figure 28,  Appendix 6).  Smaller numbers of YOY walleye were also caught, but no YOY northern pike were  sampled.    YOY or juvenile rainbow trout and rainbow smelt from fish that spawned in Current River drift  down into the Thunder Bay North Harbour study area as well.  The rocky breakwall and portions  of the mainland shoreline (without metal pilings/sheeting) may provide suitable nursery habitat  for rainbow trout and other species whose YOY tend to prefer coarse substrates.      Spottail shiner, mottled sculpin, and yellow perch were also caught during 2006 OMNR  sampling, and likely spawned in the study area.  Lengths indicate that they were YOY or juvenile  fish and that the North Harbour Study Area provides nursery habitat for these species.  Juvenile  yellow perch, white sucker, and longnose sucker were also found in the Near‐field and Far‐field  areas by OMNR (2006) confirming the study area’s use as nursery habitat by these species.      The cove in the northeastern extremity adjacent to Bare Point was identified as a potential fish  “nursery” habitat by Stantec (2003); no species were mentioned but presumably it would  include at least the species mentioned above.  The YOY of most fish species in the Great Lakes  occur in water depths of 2 m or less (Lane et al. 1993), and this cove is predominately shallow  water.  The breakwall and remnants of less altered mainland shoreline may also provide  nursery habitat for a number of small fish species such as sculpins, darters, sticklebacks and  cyprinids.    The North Harbour is unlikely to provide foraging habitat for juvenile lake trout.  No lake trout  were gill‐netted in the study area and it is unknown if any still spawn on the breakwater. YOY  lake trout reside in shallow water for several weeks after emergence and gradually move to  deeper water as the season progresses (Bronte et al. 1995; Peck 1981). For the first few years,  Lake Superior lake trout typically feed on invertebrates such as Mysis that are found over sandy  substrates in deep water (Anderson and Smith 1971; Carpenter et al. 1974). Lake trout YOY are  not typically found in heavily vegetated habitat however, so the study area may not be very  suitable nursery habitat particularly due to predation risk from large pike and walleye.  4.3 Adult Habitat The suitability the Thunder Bay North Harbour study area for foraging, overwintering, and other  use by adult fish depends on water depth, substrate, aquatic vegetation, type and abundance  of prey, presence of predators, and other factors.  The relative importance of these variables,  Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    and their interactions, will vary depending on fish species, life stage, and time of year. The  north harbour provides foraging, overwintering, and other habitat for a range of large and small  fish species, particularly those that are associated with submergents (e.g., walleye, yellow  perch, northern pike) and those which prefer to forage over soft sediments (e.g. benthivores  like suckers). Chironomids and oligochaetes found in fine silty sediments are the likely prey of  these bottom feeders.  Large numbers of adult white suckers and a few walleye and northern  pike were caught in the North Harbour during 1998 sampling, particularly at the mouth of the  Current River (Appendix 6).  In the CSMA, particularly on the unvegetated pulp nearest the mill, there are few large,  pollution‐intolerant, macroinvertebrates such burrowing mayflies, other EPT taxa, or odonate  larvae that are typically preferred by walleye, yellow perch, and small northern pike. Although  there is a less diverse benthic invertebrate community near the most heavily impacted sites (in  terms of pulp fibre and contamination) by the Cascades outfall, the increased abundance of  some taxa such as chironomids appear to provide a sufficient prey base for benthivores such as  suckers.  The abundant aquatic macrophyte growth in the CSMA attributed to the nutrient  enrichment may support greater numbers of amphipods and other climbing (non‐burrowing)  taxa that could help compensate for the reduction of some benthic invertebrate taxa.      In a sheltered bay adjacent to a sawmill on Lost Lake near Sioux Lookout, silty sediments mixed  with abundant sawdust supported dense submergent growth of pondweeds, water milfoil,  Canada waterweed, and common bladderwort (Utricularia vulgaris) (NSES 2008).  The bay had  a diverse fish community with yellow perch, northern pike, smallmouth bass, rock bass,  walleye, white sucker, and small fish species (e.g., Cyprinids) despite few benthic  macroinvertebrates in sediment samples (amphipods were observed on the submergents  however).  No quantitative analyses were done, but it appears as if the substrate was coarser  on Lost Lake, with a thinner mixture of silt and sawdust particles over silt, as opposed to the  deep pulp deposits adjacent to the Cascades mill that do not support submergents.      Yellow perch are typically strongly associated with vegetation for spawning, nursery, and adult  stages and the North Harbour may provide habitat for all life stages of yellow perch.  Thunder  Bay North Harbour potentially provides considerable habitat for other species that  use soft  sediments (sand or silt) in moderate to deep water, particularly those with an affinity for  submergents (e.g., emerald shiner, spottail shiner, sticklebacks).  Mottled sculpin and ninespine  stickleback were the most abundant small fish in the Near‐field North Harbour during 1998  sampling with smaller numbers of other species (Appendix 7).    Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    The north harbour provides some foraging or other habitat for other species as well, such as  lake whitefish, round whitefish, and lake herring.  Although lake whitefish prefer depths ranging  from 18 to 53 m in Lake Superior (Dryer 1963), Hamilton (1987) recorded catching them in  limited number in the Thunder Bay harbour, and a small number were caught during 1999 gill‐ netting in the Near‐field area (Stantec 2003) and one lake herring were caught in the North  Harbour during 1998 (Stantec 2003; Appendix 6). In the Pool 6 basin to the south of the study  area, rainbow smelt were caught in 1‐3 m of water in overnight gill net sets, indicating they  forage at night (Harris et al. 2010), and likely do so in the North Harbour as well.  The southern  portion of the North Harbour with deeper water and less submergents between the mouth of  the Current River and the north entrance to the harbour is likely more suitable to pelagic  species that are not associated with submergents such as rainbow smelt and Chinook salmon.    Mottled and slimy sculpins, brook sticklebacks, and Johnny darters inhabit the riprap and  shallow sandy habitats in the Pool 6 basin south of the Thunder Bay North Harbour study area  and likely inhabit at least portions of the littoral zone in the less modified portions of the North  Harbour shoreline and along the breakwall, including within the CSMA.  The scattered pulp logs,  riprap, and industrial debris provide cover for these species. Northern Bioscience   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Table 4.  Habitat requirements for fish species confirmed from Thunder Bay North Harbour and lower Current River (taxonomic order).1     Common Name  General / Foraging  Spawning  Sea Lamprey  attached to host fish in Lake Superior  Over gravel in swift‐flowing tributaries  streams  Lake Sturgeon  Alewife  soft substrates in Kaministiquia River and Lake Superior in range  of water depths  cool, open, waters (16‐28 m) near thermocline to a depth of 50 m  (summer) or 90 m (winter); near thermal plant outfall in winter  Blacknose Shiner   <2 m water with high affinity for emergent and submergent  vegetation  Bluntnose Minnow   <5 m water with high affinity for emergents and less so  submergents  Common Carp  0‐2 m water in summer, deeper (2‐5 m) in winter; strongly  associated with submergents and emergents  In rapids below Kakabeka Falls in  Kaministiquia River  shallow water of nearshore areas over sand  and gravel  <1m water amongst roots of submergent or  emergent aquatic vegetation, over sand or  gravel  <5 m water, moderately associated with  submergents and emergents; on undersides of  fixed objects; typically gravel or rubble  <2 m water in emergent and submergent  vegetation, usually silt but also sand to rubble  Creek Chub  0‐2 m water with moderate affinity for submergents and  emergents  <1 m water in streams with gravel substrate  just above riffles  Emerald Shiner  pools and runs of medium to large rivers with sand or gravel  substrates and cool, clear open waters of lakes; preferred water  temperature range 9‐23°C; often near river mouths  open water over gravel shoals or over sand in  streams  Fathead Minnow  Blacknose Shiner   Finescale Dace  0‐5 m water, strongly associated with submergents, emergents,  and logs  open waters of lakes, lake margins and gravel‐bottomed pools  and runs of creeks and rivers; moves to deeper, cold, pelagic  waters in the summer  Lake Chub   <2 m water with high affinity for emergent  and submergent vegetation  <2 m water over silt, sand, and gravel and  submergent vegetation  tributary streams over sand, gravel, or rocks  Nursery  In silty to sandy substrates in Lake Superior  tributaries; sandy areas >2 m deep at river  deltas  shallow (<2 m) sandy areas in Kaministiquia  River  same as nursery for summer before moving  to deeper water  <2 m water with high affinity for emergent  and submergent vegetation  <2 m water with moderate affinity for  emergent and submergent vegetation  <2 m water with high affinity for emergent  and submergent vegetation  0‐2 m water with moderate affinity for  submergents and emergents  0‐5 m with moderate affinity for  submergents and emergents on a variety of  substrates but also captured in open water  <2 m water with moderate affinity for  emergent and submergent vegetation  <2 m water  usually over gravel, sand or rocks in 0‐2 m  initially pelagic then benthic in 0‐2 m water  over rubble to silt with low affinity for  submergents  <2 m water with low affinity for aquatic  vegetation  Longnose Dace  cobble, boulder or gravel riffles of clean, cool, swiftly‐flowing  creeks and small to medium rivers, and occasionally along rocky  shores of lakes; preferred water temperature range 13‐21°C  riffles over gravel in tributaries  Northern Pearl Dace  <2 m water with low affinity for aquatic vegetation  <1 m water over sand or gravel; low affinity  for aquatic vegetation  Northern Redbelly  Dace  0‐5 m water, strongly associated with submergents, emergents,  and logs  <2 m water on submergent vegetation or  algae, over silt, sand, and gravel  <2 m water  Spottail Shiner  usually in open, clear cold or cool waters of large lakes and rivers;  less frequently in tributary  streams with slow to moderate  current and sand or gravel substrates; preferred water  temperature range 13‐22°C  sandy shoals or lower reaches of tributaries  in shallow to deep (>5 m) with high affinity  for submergents over gravel, sand, and silt  Northern Bioscience    41    Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Common Name  General / Foraging  Spawning  Nursery  Longnose Sucker  clear, cold, deep water (up to 55 m) of lakes and tributary  streams; occasionally brackish water; preferred water  temperature range 8‐17°C  swift‐flowing tributaries  young move downstream to lakes in early  summer;  Silver Redhorse  0‐5 m water (year‐round)   <1 m water in swift‐flowing tributaries  0‐2 m water with emergent vegetation  swift‐flowing tributaries with gravel or cobble  or windswept rocky  lakeshores  variety of habitats, especially 0‐5 m with  submergents on sand and silt, but  sometimes coarse substrates  shallow, heavily vegetated floodplains or  shallows of lakes and rivers  warm, shallow, heavily vegetated bays or  rivers with slow current  quiet, vegetated waters in <2 m water depth  White Sucker  Northern Pike  pools and riffles of creeks and rivers, warm shallow lakes and  embayments of larger lakes usually at depths of 6‐9 m; preferred  water temperature range 22‐26°C  clear, cool to warm, weedy bays of lakes and slow, meandering,  heavily vegetated rivers; preferred water temperature range 17‐ 21°C  Central Mudminnow  quiet, vegetated waters in <2 m water depth  <1 m water over submergent or emergent  vegetation, silt substrate  Rainbow Smelt  cool, clear, mid‐waters (14‐64 m) of lakes and medium to large  rivers; preferred water temperature range 7‐16°C  tributaries  Brook Trout  cold, clear, well‐oxygenated streams, rivers, ponds and lakes with  maximum water temperature less than 22°C; preferred water  temperature range 13‐17°C  clean gravel and cobble in tributary streams  associated with upwellings  Chinook Salmon  mid‐waters (15‐60 m) in or below the thermocline; preferred  water temperature range 12‐16°C  clean gravel and cobble in tributary streams  Cisco (Lake Herring)  open, mid‐waters (13‐53 m) of lakes and large rivers, below the  thermocline; preferred water temperature range 7‐10°C  Lake Trout  cold deeper waters (12‐18m) of lakes, below the thermocline in  summer; preferred water temperature range 9‐13°C  Lake Whitefish  cool waters (18‐37 m) of lakes and large rivers, below the  thermocline; preferred water temperature range 8‐14°C    variable; gravel and rocky bottoms, sometimes  vegetation,  up to 64 m depth in the Great  Lakes  clean cobble or rocky areas, often at depths of  10 m or more  usually over gravel, cobble or rocks,  bottom,  typically in less than 8 m of water or in  tributary streams or rocky shorelines  upon hatching , larvae drift downstream to  lake; often over sand beaches at night  tributary streams and nearshore areas,  particularly near tributary mouths in 0‐5 m  with rubble, gravel or sand, and sometimes  finer sediments  tributary streams and nearshore areas,  particularly near tributary mouths in 0‐5 m  with gravel or sand  0‐2 m in spring moving to deeper water in  fall, usually over sand or coarser substrates,  and with low affinity for submergents.  cool, open and inshore waters with rocky  shorelines  over rubble, gravel and sand in 0‐2 m of  water in spring/summer and moving to  deeper waters in fall   tributary streams and nearshore areas,  particularly near tributary mouths  Pink Salmon  mid‐waters (6‐36 m); preferred water temperature range 13‐17°C  clean gravel and cobble in tributary streams  Rainbow Trout  mid‐waters of lakes; creeks and rivers with moderate flow,  gravelly bottoms and riffle‐pool habitat; preferred water  temperature range 12‐18°C  clean gravel and cobble in tributary streams  tributary streams and nearshore areas,  particularly near tributary mouths  Round Whitefish  shallow waters (<37 m) of deep lakes and clear streams; preferred  water temperature 17.5°C  over gravel in the shallow water of lakes and  streams  cool, open and inshore waters over gravel  and sand; in 1‐5 m in spring moving to  deeper waters as they mature but also  caught at surface over deep water  Trout‐perch  Feeds in shallow waters during day, seeks shelter in deeper  waters at night   moderate to deep waters (to 90 m) of lakes, large cool rivers and  streams, often under rocks, among roots or in holes in the banks;  preferred water temperature range 7‐18°C  0‐5+ m of water, between rocks, with low  affinity for vegetation; over silt to rubble  shallow, nearshore areas and tributaries  shallow bays over sand or on gravel shoals  over rubble, gravel and sand in 0‐5 m water  in spring moving to deeper waters in fall  shallow vegetated nearshore of lakes, ponds, pools of sluggish  nest made out of vegetation in <1m water, on  over rubble, gravel and sand in 0‐2 m water  Burbot  Brook Stickleback  Northern Bioscience    42    Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Common Name  General / Foraging  Spawning  Nursery  streams, and marine/estuarine environments; preferred water  temperature range 9‐16°C  silt and sand, sometimes gravel Fourspine Stickleback  Shallow vegetated nearshore of Thunder Bay harbour  nest made out of vegetation in <1 m water; on  sand and silt, sometimes gravel to cobble  Ninespine Stickleback  shallow vegetated nearshore of lakes and streams, as well as  deep waters of Lake Superior  nest made out of vegetation <1 m water; on  gravel and rubble, sometimes cobble, sand, or  silt  in spring moving to deeper waters in fall;  moderate affinity for submergents  over rubble, gravel and sand in 0‐2 m water  in spring moving to deeper waters in fall;  moderate affinity for submergents  over rubble, gravel and sand in 0‐2 m water  in spring moving to deeper waters in fall;  moderate affinity for submergents  nest made out of vegetation in 0‐5 m water on  silt and sand, sometimes gravel  over gravel in 0‐2 m water in spring moving  to deeper waters in fall  underside of rocks or ledge  in range of water depths using rocks and  logs for cover; on coarse substrates and less  often on gravel or sand  Threespine  Sticklebacks  Mottled Sculpin  Rock  Bass  shallow vegetated areas of creeks and rivers, protected bays of  lakes with mud or sand bottom, and coastal marine/estuarine  environments; preferred water temperature range 9‐12°C; can be  pelagic  cobble and gravel riffles of cool creeks, small rivers and rocky  shores of lakes (<16 m deep); preferred water temperature range  13‐18°C  Rocky, inshore areas  In 0‐2 m water over gravel, often associated  with rocks, logs, docks  In 0‐2 m water over sand, gravel, rocks;  often  associated with logs and docks  Logperch  Rocky, inshore areas; move deeper in summer as water temp  increases  sandy, silty, gravelly, sometimes rocky, pools of creeks and small  to medium rivers, and sandy shores of lakes; preferred water  temperature 22.8°C; reported to a depth of 42 m in the Great  Lakes  Usually in moderately shallow water in lakes and streams, but  sometimes as deep as 40 m; on sand and gravel bottoms  Ruffe  Inshore waters of Lake Superior and tributaries  Walleye  lakes (at depths up to 21 m), and pools, backwaters and runs of  medium to large rivers; preferred water temperature range 19‐ 23°C  clean gravel and cobble in tributary streams,  shoals, or windswept shorelines  Yellow Perch  lakes, ponds and pools of creeks and small to large rivers with  moderate aquatic vegetation and clear water, usually at depths  <9 m; preferred water temperature range 18‐24°C  over vegetation or logs in lakes and streams,  or sand and gravel if vegetation lacking.  Smallmouth Bass  Johnny Darter  rocky, shallow (<1 m) water; undersides of  rocks and logs  0‐2 m water over sand and gravel in lakes and  streams  0‐3 m water with moderate affinity for  submergents, logs, branches and rocks; over  range of substrates  Rocky, inshore areas  Rocky, inshore areas  on gravel, sand, and silt  in 1‐5 m of water  with a moderate affinity for submergents  shallow water on  sand and gravel bottoms  Inshore waters of Lake Superior and  tributaries  over gravel and sand in 0‐5 m of water in  spring moving to deeper water in fall, with a  low affinity for submergents  over gravel, sand, and silt in 0‐5 m of water  in spring moving to deeper water in fall, with  a moderate affinity for submergents    1  based on Armstrong et al. (1996), Eakins (2011), Hartviksen and Momot (1987), Holm et al. (2009); Hubbs et al. (2004), Lane et al. (1996); Marsden et al.  (1995); Lane et al. (1996a,b,c), Scott and Crossman (1998), Smith (2010), Stewart and Watkinson (2004), and references therein.  Northern Bioscience    43    Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    4.4 Summary of Fish Habitat A summary of water depths by substrate type and vegetation for the Thunder Bay North  Harbour study area is presented in Table 5 and shown in Figure 30 .  The approximate areas  should be considered estimates only due to the incomplete nature of the vegetation and  substrate data for the study area, and interpolation of depth classes, particular in shallow water  less than 2 m.      Table 5.  Approximate area (m2) in various depth classes by main substrate type and submergent  vegetation presence within the proposed Contaminated Sediment Management Area (CSMA) and the  Thunder Bay North Harbour (TBNH) study area.      Depth  Predominant  Upper  Class  Substrate (m) 0‐2 pulp 0‐2 pulp 0‐2 sand 0‐2 sand 0‐2 silt 0‐2 silt 2‐5 pulp 2‐5 pulp 2‐5 sand 2‐5 sand 2‐5 silt 2‐5 silt 5‐10 sand 5‐10 silt 5‐10 silt 10+ sand 10+ silt Total Vegetation none submergents none submergents none submergents none submergents none submergents none submergents none none submergents none none CSMA % of TBNH  2 2 Area (m ) (m ) Study Area                        56,045       56,034                100.0                           9,127         9,088                  99.6                           4,581                           1,991                           8,764               263                      3.0                         48,815         39,701                   81.3                         13,690       13,690                100.0                           5,147         5,147                100.0                         57,523                         10,134                         35,650             943                     2.6                      285,725         97,231                   34.0                      104,728                      266,029                         54,280                         13,884                            4,251                      980,365      222,098    TBNH Study Area    Within the CSMA, submergents on silt substrate in 2‐5 m of water are the most abundant  habitat type covering 97,231 m2, or about 44% of the CSMA (Figure 29); vegetated silt in  shallow water (<2 m) accounts for another 18% of the CSMA.  Unvegetated pulp in shallow  water (<2m) covers approximately 56,000 m2   or one quarter of the CSMA, and unvegetated  pulp in deeper water accounts for another 6% of the CSMA.    Northern Bioscience    44   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    56,034 , 25% Shallow water (<2m) unvegetated pulp Shallow water (<2m) unvegetated silt 97,231 , 44% Shallow water (<2m) vegetetated pulp 263 , 0% 9,088 , 4% Shallow water (<2m) vegetetated silt Deeper water (2‐5 m) unvegetated pulp Deeper water (2‐5 m) unvegetated silt Deeper water (2‐5 m) vegetated pulp 39,701 , 18% 5,147 , 2% 943 , 1% Deeper water (2‐5 m) vegetated silt 13,690 , 6% Figure 29.  Area (m2) and relative proportion (%) of various habitat types within the Contained Sediment  Management Area (CSMA).    Within the Thunder Bay North Harbour study area, the predominant habitat is estimated to be  silt substrates in 2‐5 m of water with at least some submergents, covering approximately  285,725 m2 or about 29% of the total Thunder Bay North Harbours study area.  The CSMA  represents approximately 34% of this habitat type (Table 5).   This habitat type does not appear  to be limiting in the Thunder Bay North Harbour, although based on available video evidence,  most of the dense submergents appear to be within the CSMA however (see Figure 23).    Nutrient enrichment from the mill may account for denser beds of submergents along the  periphery of the CSMA compared to elsewhere in the north harbour in similar water depths.    Shallow water areas are somewhat limited in the Thunder Bay North Harbour based on based  on available bathymetry (Figure 3).  Water less than 2 m depth comprise only 13% of the  Thunder Bay North Harbour study area, of which 81% (105.086 m2) is within the CSMA.  Much  of the shoreline near Port Arthur Shipbuilding has been dredged in the past and highly modified  to accommodate passage of large ships, regarding in a loss of shallow littoral habitat in these  areas compared to the historic condition.  Most (81%) of the vegetated substrates, either pulp  (9,088 m2) or silt (39,701 m2) in shallow waters (<2 m) of the Thunder Bay North Harbour are  also found within the CSMA (Table 5).   Shallow water areas near the mouth of the Current  River may not be optimal for submergent growth due to the coarser substrates and current, but  there is no video coverage of this portion of the harbour to confirm the distribution and  abundance of any submergents (none are mapped for this area, Figure 30).   Remediation of the  areas within the CSMA that are currently covered with deep pulp lacking submergents, could  Northern Bioscience    45     Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    potentially increase the amount of submergent vegetation in shallow water in the north  harbour.      Figure 30.  Overlay of approximate water depth classes, predominant substrate (upper layers), and  submergent presence in the Thunder Bay North Harbour interpolated from available data.  4.5 Significance of Fish Habitat Potential of use for the Thunder Bay North Harbour study areas area for spawning, nursery, and  adult fish species confirmed from Thunder Bay is presented in Table 6.  Fish habitat use is  broken down by water depth, substrate type, presence of submerged aquatic vegetation  (emergents are lacking), and impairment to be consistent with classes used by Fisheries and  Oceans Canada (DFO) Habitat Alteration Assessment Tool (HAAT).  Shallow water classes (0‐1 m  and 1‐2 m) were pooled due to the lack of detailed bathymetric data in very shallow water.   This table also provides a breakdown of area (m2) derived from GIS for each habitat  Northern Bioscience    46   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    combination (e.g., vegetated silt in 5‐10 m of water) present within the study area.  Since there  are limited field data (for fish or habitat) for the study area, potential habitat use was largely  inferred from habitat preferences found in the literature (Table 6) while considering habitat  features assessed in the current review.  Actual use for the different life stages (e.g. spawning,  nursery, adult) has not been confirmed for most species in the Thunder Bay North Harbour in  general, or the Contaminated Sediment Management Area in particular.  Degree of use was  inferred as none, low, medium, or high for each fish species based on the perceived abundance  in the study area and strength of habitat preference.  Figure 31 presents a generalized fish  habitat map of the Thunder Bay North Harbour study area based on predominant water depths,  substrates, and submerged aquatic vegetation. Inferred use of these generalized habitats for  spawning, nursery, and adult foraging/overwintering by the (presumed) most common large  fish species is also indicated.    Based on the sampling to date, the most abundant large fish species in Thunder Bay North  Harbour are longnose sucker, yellow perch, white sucker, northern pike, and walleye.  Mottled  sculpin, spottail shiner, and ninespine stickleback appear to be the most commonly observed  forage fish species.  The CSMA likely provides spawning habitat for yellow perch which have  adhesive eggs that stick to submergents and other aquatic vegetation, and possibly for spottail  shiners, ninespine sticklebacks, and other forage fish species (see Figure 31).  Vegetated  shallow water areas are rather limited in the Thunder Bay North Harbour study area outside the  CSMA, but these species likely spawn outside the CSMA as well, including in slightly deeper  water.  Vegetated silty substrates in 2‐5 m of water are relatively common elsewhere in the  north harbour, although the submergent beds appear to be sparser.  Although sculpins were  commonly sampled in the CSMA, they prefer coarse substrates for spawning and are unlikely to  spawn in most of the CSMA due to deep pulp deposits.  Therefore, the CSMA does not appear  to be significant spawning habitat for large or forage fish species in the Thunder Bay North  Harbour, with the possible exception of yellow perch in the vegetated areas with thinner (<1 m)  pulp.    The CSMA appears to provide nursery habitat for longnose suckers, white suckers, and walleye  that originate from spawning habitat in the Current River, as well as for yellow perch and small  fish species that have spawned in the CSMA or elsewhere in the north harbour.  Natural  shorelines, particularly vegetated ones, are rather limited in the northern portion of the  harbour, so these nursery habitats in the CSMA may be at least locally significant.   Nursery  habitat for suckers may not be limiting since they spawn in other Lake Superior tributaries in  the AOC and longnose suckers YOY are often seen in schools of hundreds elsewhere in the  harbour (LSBP 2006).  Nursery habitat is more likely to be limiting for walleye since the Current  River is thought to be the main spawning location for walleye found in the Thunder Bay  Northern Bioscience    47   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    harbour, although recent telemetry evidence suggests they may spawn in the Kaministiquia  River as well.  Increasing the relative abundance of juvenile walleye in Thunder Bay is identified  as an objective in the Great Lakes Fisheries Commission’s Rehabilitation Plan for Walleye  Populations and Habitats in Lake Superior (Hoff 2001).      The immature fish supported by the nursery habitat in the CSMA are in turn preyed upon by  adult walleye, northern pike, and to a lesser extent yellow perch.  The invertebrates found in  the sediments and/or on the submergents of the CSMA are prey for adult white, longnose  suckers, yellow perch, and walleye, as well as small fish species.  Thus the CSMA provides  foraging habitat and likely overwintering habitat for large and small bodied fish.  Vegetated and  unvegetated silt in 2‐5 m of water is fairly abundant elsewhere in the TBNH study area so the  habitat in the CSMA may be less significant for adult fish compared to YOY fish, particularly for  large‐bodied fish species that prefer water deeper than 2 m of water.  Rehabilitation of the  bare pulp substrates within the CSMA has the potential to increase habitat values for YOY and  adult fish. Northern Bioscience    48   Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Table 6.  Expected degree of use (L=low; M=moderate; H=high) for spawning (S), nursery (N), and adult fish (A) of the Thunder Bay North Harbour  based on water  depth, submerged aquatic vegetation (SAV) presence(Y=yes; N=no), substrate, and impairment for fish species confirmed from Thunder Bay.     Depth Class (m)  0‐2 m  Substrate  Sand/Gravel  SAV  Area (ha)  Use  2‐5 m  S  Silt/Pulp  Sand  Silt  Y  N  Y  N  N  Y  N  N  N  0.2  0.5  5.8  6.5  1  5.8  29.1  4.9  10.5  5.4  26.6  1.4  0.4  N  A  S  N  L  L  A  S  N  A  S N  L  Blacknose Shiner  L  L  Bluntnose Minnow  M  M  M  L  Common Carp  L  L  L  M  L  L  M  M  L  L  Fathead Minnow  M  M  M  L  L  L  L  L  L  L  M M L  L  L  M L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  Brook Trout  L  L  L  L  L  L  M M L  N  A  S N  A  S L  A  S N  A  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  M M M L  L  M L  M L  L  L  L  L  H  L  L  H  M M M L  L  M M H  M M  L  L  L  H  M M  L  L  L  M L  M M M L  L  L  M H  M M M  L  L  L  L  M L  L  M L  M M H  M L  L  H  L  L  L  Chinook Salmon  M L  L  L  L  L  L  L  M L  L  L  L  L  Cisco (Lake Herring)  Northern Bioscience  N L  L  L  L  L  M L  M  M L  M L  M M M  M  M L  M  M M  Rainbow Smelt  L  H  L  L  L  L  L  L  L  S  L  L  L  A  L  M L  M  L  L  L  N  L  L  Northern Pike  L  L  L  S L  L  N. Pearl Dace  M  L  A  L  L  L  S  N  M  M L  L  A  L  M M  M  L  N  L  L  M  M  M  L  S  L  L  L  A  L  Longnose Dace  Spottail Shiner  N  M  M L  L  S  L  L  L  N. Redbelly Dace  A  L  L  Finescale Dace  Silver Redhorse  N  L  Emerald Shiner  H  S  L  L  M  M  A  L  L  Cen. Mudminnow  Silt  N  Alewife  White Sucker  Sand  Y  L  Longnose Sucker  Silt/Pulp  N  Lake Sturgeon  Lake Chub  Sand  10+ m  Y  Sea Lamprey  Creek Chub  5‐10 m    49    L  L  L  L  L  L  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Depth Class (m)  0‐2 m  Substrate  Sand/Gravel  SAV  Area (ha)  Use  2‐5 m  S  Silt/Pulp  Sand  Silt/Pulp  Y  N  Y  N  N  Y  N  N  N  0.2  0.5  5.8  6.5  1  5.8  29.1  4.9  10.5  5.4  26.6  1.4  0.4  N  A  S  N  A  S  N  A  S N  A  S  N  A  S  N  L  L  Trout‐perch  L  L  Burbot  L  L  M  M  L  L  H  H  3‐spine Stickleback  L  M  M  H  L  L  H  Rock Bass  M  L  H  L  Johnny Darter  Ruffe  H  M  M  M  L  L  Walleye  Yellow Perch  M  M  M  L  Logperch  L  M  M  H      Northern Bioscience  H  H  M  M  M  Sculpin spp.  Smallmouth Bass  M M L  L  L  M L  M  L  L  M M M M L  L  M M  M  H  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  M L  L  H  H  L  L  M M  L  L  L  L  L  L  M L  L  L  L  L  L  L  L  L  H  L  L  M L  L  L  L  L  L  M L  L  L  L  M M L  L  L  M L  M M L  L  L  L  L  M M M L  L  L  L  L  L  M L  L  L  H  H  L  M M L  L  M M  L  L  L  L  M M  L  L  L  L  M M L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  L  M M  M M L  M L  M L  M L  L  H  H  L  M M M H  H  M M L  L  L  L  L  L  M L  M L  L  L  L  L  M M L  L  M M L  L  L  L  L  L  M L  M M M M H  L  M H  H  L  M M L  L  M L      L  M L  M N  A  L  M L  S L  L  L  A  L  L  L  N L  L  M S L  L  L  A  L  M L  N  L  L  L  S L  M H  A  L  L  L  N  L  M H  L  M  L  H  M L  L  S  L  L  L  A  L  L  L  N  L  M L  S L  L  L  A  L  L  L  S  N  L  M L  A  L  L  L  N  L  L  L  S  L  L  M  L  Round Whitefish  A  L  Rainbow Trout  H  Silt  N  L  9‐spine Stickleback  Sand  Y  Pink Salmon  H  Silt  N  Lake Whitefish  4‐spine Stickleback  Sand  10+ m  Y  Lake Trout  Brook Stickleback  5‐10 m  50    Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis        Figure 31.  Inferred use of the main habitat types of Thunder Bay North Harbour study area for fish spawning, nursery, and adult foraging/overwintering.  LNS=longnose sucker; LT=lake trout; NP=northern pike; RS=rainbow smelt; RT=rainbow trout; SMB=smallmouth bass; WA=walleye WS=white sucker; YP=yellow perch;   sm. f. = small fish species (predominately cyprinids, sticklebacks, sculpins, ruffe, and rock bass)    Northern Bioscience    51    Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    5 Data Gaps and Recommendations The assessment of the significance of fish habitat within the proposed Contaminated Sediment  Management Area is dependent on the available fish community and habitat data.  Data gaps  that limit interpretation and assessment of fish habitat values include:   Limited information for shoreline nearshore environments in and adjacent to the CSMA,  and their suitability for spawning/nursery habitat;   Limited small fish assessments in the CSMA and Thunder Bay North Harbour study to  help assess its significance as nursery habitat, particularly for walleye;   No data on contemporary fish use in the CSMA i.e., since the mill closure in 2009 (fish  may previously have been attracted to the warm discharge);   Lack of comprehensive video footage of submergents, to assess their distribution and  abundance within the CSMA relative to the rest of the Thunder Bay North Harbour study  area; and   Lack of information on zooplankton or other pelagic prey that are prey for larval and  small fish.    Where possible, additional field surveys should be conducted to address these data gaps.  A  better understanding of these fish habitat values would permit for a more thorough evaluation  of potential advantages/disadvantages of various remediation options for the CSMA.    Northern Bioscience    52  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    6 Literature Cited Anderson, E. D. and L. L. Smith. 1971. A synoptic study of food habits of 30 fish species from  western Lake Superior. St. Paul, MN, Minnesota Agricultural Experiment Station Report‐ 279. in Netto, J. 2006.  A model to link habitat supply to population dynamics for lake  trout (Salvelinus namaycush) populations in western Lake Superior. MSc. Thesis,  Michigan State University. 103 p.  Ball, H.E. and J. Tost.  1990.  Summary of small fish surveys conducted in the rivers entering  Thunder Bay Harbour.  Unpublished report prepared by Pisces Consultants and North  Shore Environmental Services for the North Shore of Lake Superior Great Lakes Cleanup  Fund Program.  RAP Tech. Rep. #11.  BAR Environmental. 1996. EEM Cycle 1 Final Interpretive Report for the Provincial Papers Mill at  Thunder Bay. Prepared for Environment Canada on behalf of Provincial Papers by BAR  Environmental.  Beak International Incorporated. 1998.  Mercury investigation in Thunder Bay Harbour  Sediment – August 1997.  Report prepared for Provincial Papers Inc and Abitibi‐ Consolidated. Brampton, ON. 47 pp.  Bedard, D. and S. Petro. 1995. Laboratory Sediment Bioassay Report on Thunder Bay Sediments  at the Abitibi‐Price Provincial Papers and Fort William Mills 1993. Report prepared for D.  Pugh, Northwestern Region, Thunder Bay Regional Office by the Standards  Development Branch, Ontario Ministry of Environment and Energy, Etobicoke, Ontario.  Biberhofer, J., M.A. Gauvin and C.M. Prokopec. 2007. Sediment Geometry and Estimated  Volume for the Northeast Sector of Thunder Bay Harbour. Water Science and  Technology Directorate, Environment Canada, Burlington, Ontario. Draft Report.  February 2007.  Borgmann, U. and A. Borgmann. 1997. Control of ammonia toxicity to Hyalella azteca by  sodium, potassium and pH. Environmental Pollution 95:325‐331.  Bobrowicz, S.M. 2011a. Thunder Bay Remedial Action Plan — Walleye Spawning Assessment,  Current River 2010‐2011. Upper Great Lakes Management Unit, Ontario Ministry of  Natural Resources, Thunder Bay, ON. QUIK Report 11‐02. 16 pp   Bobrowicz, S.M. 2011b. Thunder Bay Native Fisheries Rehabilitation — Chronology of  Development on the Current River. Upper Great Lakes Management Unit Miscellaneous  Report 11‐01. Ontario Ministry of Natural Resources, Thunder Bay, ON. 48 pp.  Bronte, C. R., J. H. Selgeby, J. H. Saylor, G. S. Miller, and N. R. Foster. 1995b. Hatching, dispersal  and bathymetric distribution of age‐0 wild lake trout at the Gull Island Shoal Complex,  Lake Superior. Journal of Great Lakes Research. 21(Supplement 1):233‐245.  Northern Bioscience    53  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Carpenter, G. F., E. L. Mansey, and N. H. F. Watson. 1974. Abundance and life history of Mysis  relicta in the St. Lawrence Great Lakes. Journal of the Fisheries Research Board of  Canada. 31:319‐325.  City of Thunder Bay. 2006.  Boulevard Lake Water Management Plan. Thunder Bay. ON. 69 p.  COSEWIC 2003. COSEWIC assessment and update status report on the Shortjaw Cisco  Coregonus zenithicus. Committee on the Status of Endangered Wildlife in Canada.  Ottawa. viii + 19 pp.  COSEWIC. 2005. COSEWIC assessment and update status report on the Lake Ontario Kiyi  Coregonus kiyi orientalis and Upper Great Lakes Kiyi Coregonus kiyi kiyi in Canada.  Committee on the Status of Endangered Wildlife in Canada. Ottawa. vi + 17 pp.  COSEWIC. 2006. COSEWIC assessment and update status report on the Lake Sturgeon  (Acipenser fulvescens) in Canada. Committee on the Status of Endangered Wildlife in  Canada. Ottawa. vi + 107 pp.  COSEWIC. 2007. COSEWIC assessment and update status report on the Northern Brook  Lamprey Ichthyomyzon fossor (Great Lakes ‐ Upper St. Lawrence populations and  Saskatchewan ‐ Nelson population) in Canada. Committee on the Status of Endangered  Wildlife in Canada. Ottawa. vi + 30 pp.  COSEWIC. 2011. COSEWIC assessment and status report on the Silver Lamprey, Great‐Lakes – Upper St. Lawrence populations and Saskatchewan‐ Nelson Rivers populations  Icthyomyzon unicuspis in Canada. Committee on the Status of Endangered Wildlife in  Canada. Ottawa. ix + 55 pp.  Cullis, K.  1988.  Lake Superior Remedial Action Plans (RAPS) Fisheries Component.  Lake  Superior Fisheries Unit, Ontario Ministry of Natural Resources, Thunder Bay.  Unpublished Report.  Dalziel, R.  1988.  Survey of critical fish habitat within International Joint Commission  designated Areas of Concern, June through October 1987.  Report prepared for Ont.  Min. Nat. Res. Fisheries Branch, Fish Community Habitat Section by Ecocern Inc.,  Toronto, Ontario. 84 p.   Dillon Ltd.  1975.  Lakehead Waterfront Study Interim Report, Phase 1 – Inventory.  Report  prepared in association with Hough, Stansbury and Associates Ltd. For Lakehead Region  Conservation Authority.  142 p. + maps.  Dryer, W.R. 1963. Age and growth of the whitefish in Lake Superior. U.S. Fish and Wildlife  Service Fisheries Bulletin 63: 77‐95.  Eakins, R. J. 2011. Ontario Freshwater Fishes Life History Database. Version 3.92. On‐line  database. (http://www.fishdb.ca), accessed 26 February 2011  Earth Tech Canada Inc.  2003. Master Plan for the Expansion of Marina Park.  Final report  prepared for the City of Thunder Bay.  63 p.+ app.  Northern Bioscience    54  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Ecometrix Inc. 2007a.  Review of mercury investigations in Thunder Bay Harbour sediments.  Report prepared for Cascades Inc.  Brampton, ON. 49 p.  Ecometrix Inc. 2007b.  Thunder Bay Harbour sediment management strategy: Management  options screening. Report prepared for Cascades Inc.  Brampton, ON. 80 p.   Entwistle, J.  1984.  Thunder Bay Harbour Marshes Study 1982/1983.  Lakehead Region  Conservation Authority. Unpublished report.  84 pp. + app.   Entwistle, J.  1986.  Thunder Bay Harbour Marshes Study 1982‐1985: Summary Report.   Lakehead Region Conservation Authority. Unpublished report.  48 pp. + app.   Entwistle, J., G. Johnson, and A. Riekko. 1984. Wetland Data Record and Evaluation‐ Northern  Wood Preservers. First Edition. March 29, 1984. Lakehead Region Conservation  Authority. Manuscript. 8 pp + 3 maps + 2 pp supplement.  Environment Canada, DST Consulting Engineers Inc. and M.M. Dillon Limited 1996.  Comprehensive Study Report, Northern Wood Preservers Site, Sediment Remediation  Project.  Fletcher, R.S. 2007. Mercury tissue concentrations in forage fish: Cascades Fine Paper.   Technical memorandum. 3 pp.  Fletcher, R., S. Baker and S. Petro. 2007. Biomonitoring Study of Thunder Bay Harbour in the  Vicinity of Cascades Fine Paper: 2003‐2004. Report prepared for Northern Region,  Thunder Bay Office by Water Monitoring and Reporting Section, Environment  Monitoring and Reporting Branch, Ontario Ministry of the Environment, Etobicoke,  Ontario. January 2007.   Forward, G.  1996.  Characteristics of the walleye (Stizostedion vitreum vitreum) population of  Thunder Bay.  Lake Superior Programs Office, Thunder Bay.  Data Report Series, Data  Report #4.  Foster, R.F. 2011. Unpublished report prepared for Thunder Bay District Stewardship Council  and & Ontario Ministry of Natural Resources by Northern Bioscience, Thunder Bay, ON.  42 pp.  Foster, R.F. 2011.  Peninsula Harbour Fish Habitat Assessment. Unpublished report prepared for  Environment Canada by Northern Bioscience, Thunder Bay, ON. 75 p.  Geiling, D. 1995. Current River estuary walleye spawning habitat, p. 27‐31. In J.R.M. Kelso and  J.H. Harding [editors]. Methods of modifying habitat to benefit the Great Lakes  ecosystem. CISTI (Can. Inst. Sci. Tech. Inf.) Occas. Pap. No. 1.  Geiling, W. D., J. R. M. Kelso, and E. Iwachewski. 1996. Benefits from incremental additions to  walleye spawning habitat in the Current River, with reference to habitat modification as  a walleye management tool in Ontario. Can. J. Fish Aquat. Sc. 53:(Suppl. 1):79‐87.  Global Biodiversity Information Facility (GBIF). 2012. GBIF Data Portal –Royal Ontario Museum  records.  Website http://www.gbif.org/.  Accessed March 2012.  Northern Bioscience    55  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Goodier, J.L. 1981. Native Lake Trout (Salvelinus namaycush) Stocks in the Canadian Waters of  Lake Superior Prior to 1955. University of Toronto, M.Sc. Thesis. 217 p.  Goodier, J.L. 1982. The Fish and Fisheries of Canadian Lake Superior. University of Toronto,  Institute for Environmental Studies. 176 p.  Goodyear, C.D., T.A. Edsall, D.M.O. Dempsey, G.D. Moss and P.E. Polanski. 1982. Atlas of the  Spawning and Nursery Areas of Great Lakes Fishes. Volume II. Lake Superior. U.S. Fish  and Wildlife Service, FWS/OBS‐82/52: 114 p.  Grapentine, L. 2011. Supplemental assessment of sediment toxicity in the central part of  Northern Inner Harbour, Thunder Bay, 2007.  Memo to Kay Kim, Environment Canada,  28 March 2011.  15 pp.  Greenfield, B.K., T.R. Hrabik, C.J. Harvey, and S.R. Carpenter.  2001.  Predicting mercury levels in  yellow perch: Use of water chemistry, trophic ecology, and spatial traits.  Can. J. Fish.  Aquat. Sci. 58:1419‐1429.  Hall‐Armstrong, J.A., A.G. Harris and R.F. Foster. 1996. Fish use of wetlands in northwestern  Ontario: A literature review and bibliography. Ont. Min. Natur. Resour., Northwest Sci.  & Technol., Thunder Bay, Ont. TR‐90. 54 pp + Append.  Hamilton, J.G.  1987.  Survey of critical fish habitat within International Joint Commission  designated Areas of Concern, August to November 1986.  Report prepared for Ont. Min.  of Nat. Res by B.A.R. Environmental, Toronto, Ontario. 118 p.  Harris, A.G., R.F. Foster, J. Tost, and B. Ratcliff. 2009. Thunder Bay Marina and Pool 6 Class EA  Baseline Environmental Conditions.  Unpublished report for Senes Ltd by Northern  Bioscience, Thunder Bay, ON. 63 p.  Harris, A.G., S.C. McMurray, P.W.C. Uhlig, J.K. Jeglum, R.F. Foster and G.D. Racey.  1996.  Field  guide to the wetland ecosystem classification for northwestern Ontario.  Ont. Min.  Natur. Resour., Northwest Sci. & Technol. Thunder Bay, Ont. Field Guide FG‐01. 74 pp. +  Append.  Hartviksen, C. And W. Momot.  1987.  Fishes of the Thunder Bay Area of Ontario: A Guide for  Identifying and Location the Local Fish Fauna.  Wildwood Publications, Thunder Bay ON.   282 p.  Hoff, M.H. [ed.] 2001. A rehabilitation plan for walleye populations and habitats in Lake  Superior. Lake Superior Committee and Lake Superior Technical Committee Walleye  Subcommittee. Great Lakes Fish. Comm. Spec. Pub. 03‐01. 78pp.  Holm, E., N.E. Mandrak, and M.E. Burridge.  The ROM Field Guide to Freshwater Fishes of  Ontario.  Royal Ontario Museum, Toronto.  462 p.  Hubbs, C.L., K. F. Lagler, and G.R. Smith.  2004.  Fishes of the Great Lakes Region (rev. ed.).   University of Michigan Press, Ann Arbour, MI. 332 p.  Northern Bioscience    56  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Holm E., and J. Hamilton.  1987.  Range extensions for fourspine sticklebacks (Apeltes  quadracus) to Thunder Bay, Lake Superior.  Ontario Ministry of Natural Resources,  Thunder Bay.  5 p.   Hurdon, T. and K. Scott. 1992.  Thunder Bay Harbour Fisheries Habitat Assessment Atlas  Bibliography.   North Shore of Lake Superior Remedial Action Plans.  Johnson, G.  1991.  First discovery of a ruffe in Canadian waters of Lake Superior.  Lake Superior  Fisheries Unit Quik Report #91‐6.  Ont. MIN. Natur. Resour. 6 p.  Lakehead Region Conservation Authority (LRCA).  1984.  Environmental Features of Thunder  Bay Harbour.  Unpublished report.  47 p.   Lake Superior Programs Office (LSPO).  1996.  Data summary of small fish collection surveys:  Thunder Bay 1991‐1995.  Data Report #1.  LSPO Data Report Series.  Lake Superior Fisheries Unit.  1988.  River ruffe investigation in Thunder Bay Harbour.  Ontario  Ministry of Natural Resources, Thunder Bay. 7 p.  Lane, J.A., C.B. Portt and C.K. Minns. 1996a. Habitat characteristics of adult fishes of the Great  Lakes. Can. Man. Rep. Fish. Aquat. Sci. No. 2358. 43 p.  Lane, P.A., C.B. Portt and C.K. Minns. 1996b. Nursery habitat characteristics of Great Lakes  fishes. Can. MS Rpt. Fish. Aquat. Sci. 2338. 42p.  Lane, J.A., C.B. Portt and C.K. Minns. 1996c. Spawning habitat characteristics of Great Lakes  fishes. Can. Man. Rep. Fish. Aquat. Sci. No. 2338. 47 p.  Lawrie, A.H.  1978.  The fish community of Lake Superior.  J. Great Lakes Res.  4(3‐4):  513‐549.  Mandrak, N.E. and E.J. Crossman.  1992.  A Checklist of Ontario Freshwater Fishes Annotated  with Distribution Maps.  Royal Ontario Museum, Toronto, Ontario.  176 p.  Marsden, J.E., J.M Casselman, T.A. Edsall, R.F. Elliot, J.D. Fitzsimons, W.H. Horns, B.A. Manny,  S.C. McAughey, P.G. Sly, and B.L. Swanson. 1995. Lake trout spawning habitat in the  Great Lakes ‐ a review of our current knowledge. J. Great Lakes Res. 21 (suppl. 1):487‐ 497.  McMahon, J.W. Terrell, P.C. Nelson. Habitat Suitability Information: Walleye FWS/OBS‐ 82/10.56.  Milani, D., and L.C. Grapentine. 2007 (revised). Biological effects of Mercury‐Contaminated  Sediment in Northern Thunder Bay, Lake Superior. NWRI Contribution No. 05‐326. 142  pp.  Milani, D., and L.C. Grapentine. 2006. Biological assessment of sediment quality in Thunder Bay,  North Harbour, 2005. WSTD Contribution No. 06‐431. Water Science and Technology  Directorate, Environment Canada, Burlington, Ontario. Final Draft. March 2006.   Minnesota Sea Grant. 2012.  Non‐native species found in Lake Superior since 1883.  Website  http://www.seagrant.umn.edu/ais/superior_nonnatives. Accessed February 2012.  Northern Bioscience    57  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Nichols, S.A., and B.H. Shaw.  1986. Ecological life histories of the three aquatic nuisance plants,  Myriophyllum spicatum, Potamogeton crispus and Elodea canadensis. Hydrobiologia  131, 3–21.  NSES (North Shore Environmental Services). 2008.  2007 Fisheries and Fish Habitat Assessment:  McKenzie Forests Products Hudson Mill Site. Unpublished report prepared for McKenzie  Forest Products Ltd., Thunder Bay Ontario. 24 pp.  Niimi, A.J. and G.P. Kissoon. 1994. Evaluation of the critical body burden concept based on  inorganic and organic mercury toxicity to rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Arch.  Environ. Contam. Toxicol. 26:169‐178,.  North Shore of Lake Superior Remedial Action Plans.  1990.  Restoration of Riverine Habitat  Diversity Thunder Bay Areas of Concern.  Ontario Ministry of Natural Resources,  Thunder Bay, ON.  18 p.  NSC/QTC (North/South Consultants Inc. and Quester Tangent Corporation). 2006. Report on the  Collection, Handling, and Analysis Results of Sediment Samples from the Thunder Bay  North Harbour, October 2005. Report prepared for the Ontario Ministry of the  Environment. Report No. MOE‐001‐06.   Ontario Ministry of Natural Resources. 2006. Thunder Bay North Harbour fish toxicity and  magnification survey. Ontario Ministry of Natural Resources, Upper Great Lakes  Management Unit – Lake Superior, Thunder Bay, Ontario, 7 pp.  Parker, S., P.A, Addison, K.J. MacIntosh  and G.R Garach. 2008.  Fish community comparison  between nearshore remediation areas of the Northern Wood Preservers facility and  four nearshore areas within Thunder Bay Harbour in 2004 and 2006.  Northern Wood  Preservers Alternative Remediation Concept (NOWPARC).  Ontario Ministry of Natural  Resources, Upper Great  Peck, J. W. 1981 Feb 27. Dispersal of Lake Trout Fry from an Artificial Spawning Reef in Lake  Superior. (MDNR, Fisheries Division Research Report; 1892) in Netto, J. 2006.  A model  to link habitat supply to population dynamics for lake trout (Salvelinus namaycush)  populations in western Lake Superior.  MSc. Thesis, Michigan State University. 103 p.  Pugh, D. 1989. A Benthos and Substrate Quality Survey of Thunder Bay Harbour in the Vicinity  of Northern Wood Preservers 1972 and 1986. Ministry of the Environment; RAP  Technical Report # 4. 39 p.   Richman, L.A. 2004. Great Lakes reconnaissance survey. Water and sediment quality monitoring  survey harbours and embayments Lake Superior and the Spanish River. Water  Monitoring Section, Ontario Ministry of Environment. January 6, 2004.   Robillard, S. R., and Marsden, J. E. 2011. Spawning substrate preference of yellow perch along a  sand‐cobble shoreline on southwestern Lake Michigan. North Am. J. Fish. Manag.  21:208‐215.  Northern Bioscience    58  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Santiago, R and P. Inch, R. Jaagumagi and J‐P. Pelletier.  2003  Northern Wood Preservers  Sediment Remediation Case Study. 2nd International Symposium on Contaminated  Sediments Case Histories.  Available at   http://www.saguenay.ggl.ulaval.ca/Histories/Santiago2.pdf  Stantec Consulting Ltd. (Stantec). 2003. Mercury Investigations in Thunder Bay Harbour  Sediment. A report prepared for Cascades Fine Paper Group (Thunder Bay, Ontario) and  Abitibi‐Consolidated Inc. (Montreal, Quebec) by Stantec Consulting Ltd. , Brampton,  Ontario. Project No. 631 20872.3, January 2003.  St. John, H., 1965. Monograph of the genus Elodea (Hydrocharitaceae) 4. The species of eastern  and central North America & summary. Rhodora 67: l‐35, 155‐180.  Scott, W.B. and E.J. Crossman 1998.  Freshwater Fishes of Canada. Galt House Publications Ltd.,  Oakville, ON.  Schloesser, J., G. Czypinski, and H. Quinlan. 2011. Early detection of invasive fishes in Lake  Superior: Sault Ste. Marie and Thunder Bay assessments, 2010. U.S. Fish and Wildlife  Service, Ashland Fish and Wildlife Conservation Office, Technical Report No. 02.  Ashland, WI. 31 pp.  Schloesser, J., G. Czypinski, and H. Quinlan. 2012. Early detection of invasive fishes in Lake  Superior: St. Louis River, Upper St. Marys River, and Thunder Bay assessments, 2011.  U.S. Fish and Wildlife Service, Ashland Fish and Wildlife Conservation Office, Technical  Report No. 03. Ashland, WI. 27 pp.  Schmidt, K. and M. Friday. 2000. Current River walleye assessment. Lake Superior Management  Unit QUIK Report 00‐08. Ontario Ministry of Natural Resources, Thunder Bay, ON. 5pp.  Smith, G.R.  2010.  Guide to Great Lakes Fishes.  Michigan Sea Grant & The University of  Michigan Press, Ann Arbor MI. 124 p.  Stantec (Stantec Consultants Ltd.). 2003. Mercury Investigation in Thunder Bay Harbour  Sediment. Report prepared for Cascades Fine Paper Group and Abitibi‐Consolidated Inc.  Report prepared for Cascades Fine Paper Group (Thunder Bay, ON) and Abitibi‐ Consolidated Inc. (Montreal, QC) by Stantec Consulting Ltd., Brampton, ON. Project No.  631 20872.3, January 2003.   Stantec. 2004. Cycle 3 Environmental Effects Monitoring. Report prepared for Cascades Fine  Papers Group, Thunder Bay Inc. Final Report. (p. 3.5 in Ecometrix 2007a)  Stewart, K.W. and D.A. Watkinson.  2004.  The Freshwater Fishes of Manitoba.  University of  Manitoba Press, Winnipeg, MB.  Thunder Bay RAP Team. 1991. Thunder Bay Area of Concern Remedial Action Plan Stage 1:  Environmental Conditions and Problem Definition. 109 pp.  Thunder Bay RAP Team. 1994. Thunder Bay Area of Concern Remedial Action Plan Stage 2:  Remedial strategies for ecosystem restoration. 74 pp. plus appendices.  Northern Bioscience    59  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Tost, J. and H. Ball.  1990.  Summary of small fish surveys conducted in the rivers entering  Thunder Bay harbour in August and October, 1990.  Report prepared for the north Shore  of Lake Superior Remedial Action Plan.  Ontario Ministry of Natural Resources, Thunder  Bay, ON.  26 p.  Trow Associates Inc.  2007.  Proposed Marina Park Expansion Phase II Environmental Site  Assessment Onshore Lands, Thunder Bay, Ontario.  Prepared for City of Thunder Bay.   396 p.  Trow Consulting Engineers Ltd. 1992.  Environmental investigation and analysis of cleanup  operations of Northern Wood Preserves Inc., Thunder Bay, Ontario. Unpublished report.    79 p.  Vander Wal, J.  1989. Thunder bay Remedial Action Plan, Status Report.  North Shore of Lake  Superior Remedial Action Plan, Thunder Bay, ON. 19 p.    Northern Bioscience    60  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 1.  Particle size* analysis results for surface sediment cores collected in the North  Harbour Study Area,  October, 2005 (adapted from North South 2006).  See Figure 6 for  locations.    Station  Easting  Northing  Water  Depth  Dominant  Surface  Texture  %  Sand S01  S02  S03  S04  S05  S06  S07  S08  S09  S10  S11  S12  S13  S14  S15  S16  S17  S18  S19  S20  S21  S22  S23  S24  339751.7  339469.9  339187.4  339158.5  339135.5  339202.7  338957.9  338772.9  338779.8  338573.1  339874.2  339330.5  339250.4  338953.9  338931.4  339836.6  339590.5  339273.7  339380.2  339073.8  339123.7  338889.6  338701.9  338538.8  5369016.8  5368798.3  5369105.0  5368937.6  5368626.9  5368359.2  5368226.3  5368342.0  5368702.3  5368732.7  5369039.3  5368759.2  5368536.3  5368768.1  5368453.7  5369195.6  5368911.7  5369040.1  5368895.3  5368450.3  5368135.2  5368574.1  5368413.3  5368600.5  2.3  4.7  3.1  4.1  4.4  6.0  7.3  8.8  7.4  1.9  3.1  4.8  5.6  4.5  4.0  2.5  4.1  2.5  4.2  6.2  4.9  4.0  7.6  2.9  silt/clay  silt/clay  silt/clay  silt/clay/sand silt/clay/sand silt/clay  silt/clay/sand silt/clay/sand silt/clay  sand  clay/silt  silt/clay  silt/clay  sand  sand/silt  silt/clay/sand silt/clay  sand  silt/clay  silt/clay/sand silt/clay/sand sand/silt  sand/silt  sand  5  6  17  37  21  14  32  38  10  83  11  8  7  65  51  29  6  67  19  32  26  61  42  74  %  %  Visual Field Description   Silt Clay (entire core)  54  54  60  44  51  56  45  38  56  13  40  59  62  18  31  49  53  16  59  48  53  26  39  17  40  41  23  19  28  29  24  24  34  4  49  33  32  17  18  23  41  17  21  21  21  13  19  9  pulp  unconsolidated silt/clay  pulp/silt/clay  silt/clay  silt/clay  silt/clay  silt/clay  silt/clay  silt/clay/sand  brown sand  unconsolidated silt/clay  unconsolidated silt/clay  silt/clay  sand/clay/silt  silt/clay  unconsolidated silt/fine pulp  pulp and unconsolidated silt/clay  pulp and unconsolidated silt/clay  pulp and unconsolidated silt/clay  silt/clay  silt/clay  silt/clay/sand  silt/clay  silt/clay/sand      *particle size diameter classes not given, but according to Denholm and Schut (1993)    clay <.0002 mm; silt 0.002‐ 0.05 mm; sand 0.05‐2.0 mm; gravel >2.0 mm      Northern Bioscience    61  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 2.  Substrate, vegetation, and woody debris interpretation from 2005‐2006 underwater video.    Video  Date  Easting  Northing  Substrate  Logs  Elodea  Milfoil  Pondweed  Taxa  TB05‐01  2005/11/23  339393  5368904  Silt  sparse  sparse  sparse  sparse  sparse           TB05‐02  2005/11/23  339242  5368939  Silt  none  none  none  dense  dense  sparse        TB05‐03  2005/11/23  339179  5368870  Silt  none  TB05‐04  2005/11/23  339088  5368794  Silt  none  none  none  sparse  sparse     sparse     none  none  sparse  sparse           TB05‐05  2005/11/23  339146  5368763  Silt  none  none  none  sparse  sparse           TB05‐07  2005/11/23  339261  5368780  Silt  none  none  none  sparse  sparse  sparse  sparse  small fish  TB05‐08  2005/11/23  338954  5368673  Silt  sparse  sparse  none  sparse  sparse           TB05‐09  2005/11/23  339093  5368626  Silt  none  none  none  dense  dense           TB05‐10  2005/11/23  339150  5368578  Silt  none  none  none  sparse  sparse           TB05‐11  2005/11/23  339275  5368695  Silt  sparse  none  none  sparse  sparse           TB05‐12  2005/11/23  339068  5368839  Silt  none  none  none  none              TB05‐13  2005/11/23  339363  5368607  Silt  none  none  none  none              TB05‐14  2005/11/23  339456  5368493  Silt  none  none  none  none              TB05‐15  2005/11/23  339514  5368805  Silt  none  none  none  moderate  moderate           TB05‐17  2005/11/23  339799  5368837  Silt  none  none  none  dense  dense     sparse     TB05‐18  2005/11/23  339759  5368774  Silt  none  none  none  dense  dense           TB05‐19  2005/11/23  339496  5368729  Silt  sparse  none  none  moderate  moderate           TB05‐20  2005/11/23  339569  5368626  Silt  sparse  none  none  sparse  sparse        TB05‐31  2005/11/23  339645  5368933  Silt  none  none  none  dense  dense           TB05‐32  2005/11/23  339406  5368777  Silt  none  none  none  sparse  sparse           T112  2006/07/13  339299  5368859  Silt  none  none  none  sparse  sparse           T114  2006/07/13  339395  5368859  Silt  sparse  none  none  dense  dense           T116  2006/07/13  339500  5368852  Silt  none  none  none  dense  dense           T118  2006/07/13  339598  5368867  Silt  none  none  none  dense  dense           PRZ005  2006/07/18  339390  5369005  Flocculent  none  none  none  none              PRZ006a  2006/07/18  339100  5369085  Silt  none  none  none  dense  dense  sparse        PRZ006b  2006/07/18  339132  5369143  Silt  none  none  none  dense  dense           Northern Bioscience    Sticks  Wood Chips  SAV     62  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Video  Date  Easting  Northing  Substrate  Logs  Sticks  Wood Chips  SAV  Elodea  Milfoil  Pondweed  Taxa  PRZ007  2006/07/18  339741  5369183  Flocculent  none  none  none  none           water boatman  PRZ008  2006/07/18  339297  5369047  Flocculent  none  none  sparse  none              PRZ010  2006/07/18  339814  5369218  Silt  none  none  none  dense  dense           PRZ011  2006/07/18  339049  5369107  Sand/Cobble  none  none  none  sparse     sparse        PRZ012  2006/07/18  339747  5369226  Silt  none  none  none  dense  dense  sparse  sparse     PRZ014  2006/07/18  339759  5369081  Flocculent  none  none  none  dense  dense           PRZ015  2006/07/18  339157  5369095  Silt  none  none  none  dense  dense  dense        PRZ018  2006/07/18  339773  5369011  Silt  none  none  none  dense  dense           PRZ019  2006/07/18  339275  5369112  Pulp  none  none  dense  none              PRZ021  2006/07/18  339869  5369090  Silt  none  none  none  dense  dense  dense        PRZ022  2006/07/18  339237  5369013  Silt  none  none  none  dense  dense  dense        PRZ025  2006/07/18  339588  5369076  Pulp  none  none  dense  none              PRZ026  2006/07/18  339336  5368999  Pulp  none  none  none  none              PRZ028  2006/07/18  339878  5369140  Silt  none  none  none  dense     sparse  dense     PRZ001  2006/07/18‐19  339837  5369182  Silt  none  none  none  dense  dense           PRZ002  2006/07/18‐19  339711  5368980  Silt  none  none  none  moderate  moderate  moderate     scud  PRZ003  2006/07/18‐19  339544  5369021  Wood Chips  none  none  dense  none              PRZ004  2006/07/18‐19  339810  5369112  Silt  none  none  none  dense  dense     sparse     PRZ009  2006/07/18‐19  339646  5369102  Flocculent  none  none  moderate  none              PRZ013  2006/07/18‐19  339241  5369071  Flocculent  none  none  none  dense     dense        PRZ016  2006/07/18‐19  339611  5369030  Flocculent  none  none  sparse  none              PRZ024  2006/07/18‐19  339690  5369024  Flocculent  none  none  none  none              PRZ027  2006/07/18‐19  339662  5368975  Flocculent  sparse  none  none  sparse  sparse             Northern Bioscience    63  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 3.  Complete invertebrate family counts from sampling sites in the Thunder Bay North  Harbour (Table D1 in Milani and Grapentine 2007).  See Figure 20 for location of sites    Family Asellidae Aturidae Bosminidae Candoniidae Ceratopogonidae Ceropagidae Chironomidae Chydoridae Corixidae Cyclocyprididae Cyclopidae Cyprididae Daphnidae Dipseudopsidae Elmidae Enchytraeidae Ephemeridae Gammaridae Glossiphoniidae Halicaridae Hydrobiidae Hydroptilidae Hydrozetiidae Hygrobatidae Krendowskiidae Lebertiidae Leptoceridae Limnesiidae Limnocytheridae Lumbriculidae Lymnaeidae Macrobiotidae Macrothricidae Naididae Oxidae Phrygaenidae Physidae Pionidae Plagiostomidae Planariidae Planorbidae Pyralidae Sabellidae Sididae Sperchontidae Sphaeriidae Spongillidae Tetrastemmatidae Trhypachthoniidae Trochochaetidae Tubificidae Unionicolidae Valvatidae P1 1.8 P2 8.2 P3 1.6 P4 6.4 P5 22.6 P6 P7-1 2.2 P7-2 2.2 P7-3 11.0 0.2 0.2 55.4 0.4 0.2 1.0 26.2 0.2 34.8 8.4 324.0 5.4 2.0 42.0 8.4 2.6 3.4 5.8 13.6 31.8 5.4 1.4 0.8 2.0 4.2 45.6 18.0 7.6 12.0 9.8 38.6 0.8 23.4 2.0 1.8 0.4 0.2 0.4 0.2 0.2 19.8 0.2 2.8 3.8 0.4 3.2 3.8 0.4 0.2 2.6 0.2 0.4 P8 15.8 P9 10.8 1.0 0.2 0.2 23.0 1.0 6.6 42.8 0.2 11.4 0.2 1.0 34.0 0.8 2.0 0.4 1.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.8 42.2 0.4 0.2 0.6 0.2 4.2 0.2 0.8 1.8 0.2 1.0 0.2 3.0 0.2 1.0 0.6 6.4 7.6 18.6 3.4 0.4 0.2 0.4 0.2 1.2 1.4 0.8 5.8 0.6 12.4 1.6 2.0 1.0 2.4 0.6 0.4 0.2 7.6 0.2 102.8 162.6 0.8 1.2 46.8 101.8 1.0 1.4 0.2 0.4 13.8 0.6 18.0 10.4 1.6 17.4 339.6 0.2 0.4 5.0 29.4 15.0 6.0 13.2 0.2 131.2 1707.2 0.4 0.2   Northern Bioscience    64        Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Table D1.      Family Asellidae Aturidae Bosminidae Candoniidae Ceratopogonidae Ceropagidae Chironomidae Chydoridae Corixidae Cyclocyprididae Cyclopidae Cyprididae Daphnidae Dipseudopsidae Elmidae Enchytraeidae Ephemeridae Gammaridae Glossiphoniidae Halicaridae Hydrobiidae Hydroptilidae Hydrozetiidae Hygrobatidae Krendowskiidae Lebertiidae Leptoceridae Limnesiidae Limnocytheridae Lumbriculidae Lymnaeidae Macrobiotidae Macrothricidae Naididae Oxidae Phrygaenidae Physidae Pionidae Plagiostomidae Planariidae Planorbidae Pyralidae Sabellidae Sididae Sperchontidae Sphaeriidae Spongillidae Tetrastemmatidae Trhypachthoniidae Trochochaetidae Tubificidae Unionicolidae Valvatidae Continued.  P10 47.6 0.8 3.0 P11 25.2 0.2 0.2 0.8 0.2 P12 2.2 P13 1.2 P16-1 1.8 P16-2 0.8 P17 12.8 P18 1.0 P22 0.2 P23 2.0 IB2 1.6 1.0 20.6 1.6 0.4 3.0 0.2 0.4 2.4 1.8 2.8 1.0 4.2 1.2 0.2 0.2 80.0 12.2 13.0 0.2 0.8 9.6 0.2 1.0 24.6 0.4 0.2 70.4 35.4 60.6 16.2 19.6 15.8 2.4 30.2 85.6 33.6 23.6 14.0 14.6 89.0 28.2 37.4 3.8 49.0 26.0 29.6 24.6 46.4 14.2 37.4 72.2 7.2 29.4 1.0 0.4 2.2 0.2 100.0 2.0 0.2 3.6 0.2 3.2 12.6 9.2 0.2 0.6 0.2 14.6 0.6 0.2 1.6 1.2 13.0 2.2 0.2 1.0 0.2 1.2 10.4 0.6 4.6 25.8 5.4 0.6 16.8 3.0 0.4 4.0 0.2 1.0 0.6 0.6 0.2 3.0 2.2 0.4 18.0 0.6 0.2 0.4 2.0 0.2 0.2 1.0 0.2 0.2 0.4 0.4 3.6 0.2 0.6 0.2 0.2 0.2 0.2 0.6 0.2 0.2 0.2 0.6 2.0 0.2 0.4 0.4 0.2 0.2 0.2 13.2 7.6 2.8 0.8 11.2 6.0 7.2 1.2 0.4 5.8 0.2 129.8 5.4 0.2 0.6 0.4 3.6 0.8 0.8 0.2 1.4 0.2 0.4 0.4 3.6 11.0 0.4 0.2 1.0 2.4 0.4 0.2 0.4 0.2 4.8 9.4 0.2 0.4 6.4 0.2 0.2 1.4 0.2 0.2 1.0 0.4 0.4 1.2 7.2 6.0 5.2 4.0 4.6 8.0 15.0 16.2 0.8 0.8 0.2 0.4 0.4 0.4 9.2 0.2 0.2 4.0 0.2 0.6 0.2 1.0 0.2 48.8 14.6 2.0 13.2 14.2 0.2 0.4 2.0 1.4 0.4 2.4 0.6 1.0 0.2 0.2 2.6 0.8 0.6 7.8 10.0 1.4 1.0 0.2 1.4 1.0 0.4 0.2 103.6 29.0 0.8 26.6 2.6 20.8 2.2 14.8 1.8 0.4 8.0 2.6 0.2 32.2 17.8 0.2 10.6 0.8 0.2 3.2 0.4 57.4 4.8 49.8 1.0 148.4 82.4 22.4 363.6 23.8 0.6 0.8 2.6 4.2 0.4 220.2 42.6 41.2 1.2 0.2 9.4   Northern Bioscience    72.2 0.2 79.0 70.6     65  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 4.  Dominant taxon (%) of benthic communities (top) and taxon count (per m2) of dominant  taxa collected (bottom) at OMOE sample locations in the Thunder Bay North Harbour study area (Fletcher  et al. 2007).  See Appendix 5 for sampling site locations.    100% 90% OTHER TAXA Dominant Taxon (%) 80% Copepoda (Harpacticoida) Isopoda 70% Amphipoda 60% Chironomidae 50% Trichoptera 40% Oligachaetes 30% Gastropoda Bivalvia 20% 10% 0% PROV1 PROV2 PROV3 PROV4 PROV5 PROV6 PROV7 PROV20 PROVOH NORREF2 Station Dominant taxon (%) of benthic communities at sample locations    4500 Taxon Count (#) 4000 3500 OTHER TAXA 3000 Copepoda (Harpacticoida) Isopoda 2500 Amphipoda 2000 Chironomidae 1500 Trichoptera 1000 Oligachaetes Gastropoda 500 Bivalvia 0 PROV1 PROV2 PROV3 PROV4 PROV5 PROV6 PROV7 PROV20 PROVOH NORREF2 Station Taxon count (per m2) of dominant taxa collected at sample locations      Northern Bioscience    66  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 5.  Sample locations for OMOE 2003 biomonitoring sampling (Fletcher et al. 2007).    Casc ades Fine Paper Current R. 1 P1 6 P6 P10 P7 P11 7 P3 3 P2 2 P4 20 P16 P8 P23 4 P5 5 P17 P22 Legend P12 P18 P9 2002 Sam ple Points Breakwall P13 Building Footprint Built-up Area # IB2 OH # Veg eta tion Roadway Railway REF2 2003 MOE sample locations   Northern Bioscience        67  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 6.  Cascades Fine Papers Group fish catch summary by all methods, Thunder Bay Harbour, July  1998 (Stantec 2003).  See Figure 28 for location of sampling sites.        Northern Bioscience    68  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis      Northern Bioscience      69  Thunder Bay North Harbour Fish Community and Habitat Synthesis    Appendix 7.  Fish telemetry sampling locations in the Thunder Bay Harbour, November 1999‐January  2001 (Stantec 2003)      Northern Bioscience    70